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可米kemi

銀蟲 (小有名氣)

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[求助] 環(huán)糊精包合物中怎么手動設(shè)置XYZ軸已有1人參與

我在對一個環(huán)糊精包合物結(jié)構(gòu)優(yōu)化后，想看看客體分子在環(huán)糊精中的插入程度。請問：
1.在這個過程中我應(yīng)該怎么手動設(shè)置XYZ軸，從而確定XYZ平面？
2.在設(shè)XYZ軸的時候，應(yīng)該以什么為固定點，糖苷鍵么？
求高手解答，謝謝。

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1樓 2012-05-02 22:51:13

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29050801

新蟲 (小有名氣)

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【答案】應(yīng)助回帖

1.在這個過程中我應(yīng)該怎么手動設(shè)置XYZ軸，從而確定XYZ平面？
2.在設(shè)XYZ軸的時候，應(yīng)該以什么為固定點，糖苷鍵么？
--------------------
1.
我是先找了三個氧原子，然后依次確定中心；
用三個氧原子確定所在平面的法線；
法線和中心，就可以得到軸線，其他的就隨意定了

2.
第一個已經(jīng)說到了

以上為自己采用的方法
不一定對
僅供參考

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回復(fù)此樓

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2樓2014-12-16 11:14:44