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【答案】應(yīng)助回帖

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9樓: Originally posted by rainbowind1 at 2012-05-04 15:49:19:
我用的ifort12的版本。其實(shí)我已經(jīng)重新編譯過好幾次了，換了庫試試，都沒有出錯，但是沒有想到換個編譯器版本。那我換個ifort10的試試~

論壇里面有安裝教程的你安裝著一步一步來就沒多大問題的，我記得我剛開始也有著情況的，后來重新編譯就沒事啦

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11樓2012-05-04 15:53:01

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rainbowind1: 金幣+5 2012-05-04 16:12:10

只有一個原子的模型，除非box太大，否則不可能堆棧溢出，跑這么個東東用的內(nèi)存甚至比開個firefox都少一些。并且，segment fault也不是堆棧溢出的意思，而是段錯誤，段錯誤是由于指針或者內(nèi)存引用出現(xiàn)問題，而溢出不一定會發(fā)生段錯誤，否則就不會有那么多溢出漏洞和溢出攻擊了。
這個問題一般是FCFLAGS或者代碼優(yōu)化的設(shè)置不對出現(xiàn)的，174錯誤基本就是編譯器也搞不清楚為什么出錯一樣的概念～可以看到N多的編譯問題得到的代碼都是174錯誤（ifort編譯）
LZ除了說出錯和虛擬機(jī)中的Fedora外，沒提供任何可分析資源（編譯腳本，編譯環(huán)境設(shè)置，您至少得說說吧？），實(shí)在想問問LZ是打算讓我們猜么……

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12樓2012-05-04 15:54:50

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7樓: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-04 15:32:58:
是在一個節(jié)點(diǎn)/一個核上運(yùn)行的，你編譯的是串行版嘍？
你使用了什么fortran編譯器/BLAS/LAPACK/FFT3D？
把vasp.5.lib和vasp.5.2目錄下使用的makefile貼上來可以把注釋掉的地方全刪掉，這樣閱讀起來輕松一些
如 ...

vasp.5.2的makefile

FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort
FCL=$(FC)
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)
CPP    = $(CPP_)  -DHOST=\"LinuxIFC\" \
      -Dkind8 -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc \
FFLAGS =  -FR -lowercase -assume byterecl
OFLAG=-O3
OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG  = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)
BLAS=  /home/jing/vasp/scc/GotoBLAS2/libgoto2_nehalem-r1.13.so
LAPACK= /home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib/lapack_double.o
LIB  = -L/home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib -ldmy \
   /home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
   $(BLAS)
FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /usr/local/fftw/lib/libfftw3.a

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13樓2012-05-04 15:57:20

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8樓: Originally posted by liliangfang at 2012-05-04 15:38:53:
可能你的編譯有問題啊，你的是不是ifort10編譯的啊，如果是該另外的版本吧，遇到這樣問題最好按正確方法重新編譯一下

對VASP 4.6，編譯器10和11更好點(diǎn)，但是對5.2，ifort 12的確沒發(fā)現(xiàn)什么問題，無論是intel平臺還是AMD平臺，無論是Red hat系還是Debian系還是SUSE系……

有人試過Gentoo系么……

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14樓2012-05-04 15:58:00

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vasp.5 lib的makefile，沒有改動幾乎。

CPP    = gcc -E -P -C $*.F >$*.f
FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort

CFLAGS = -O
FFLAGS = -O0 -FI
FREE =  -FR

DOBJ =  preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o  diolib.o dlexlib.o drdatab.o

lapack_min.o: lapack_min.f
      $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_min.f
lapack_double.o: lapack_double.f
      $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_double.f
lapack_single.o: lapack_single.f
      $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_single.f
lapack_atlas.o: lapack_atlas.f
      $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c lapack_atlas.f
linpack_double.o: linpack_double.f
      $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_double.f
linpack_single.o: linpack_single.f
      $(FC) $(FFLAGS) $(NOFREE) -c linpack_single.f

.c.o:
      $(CC) $(CFLAGS) -c $*.c
.F.o:
      $(CPP)
      $(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f
.F.f:
      $(CPP)
.f.o:
      $(FC) $(FFLAGS) $(FREE) $(INCS) -c $*.f

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15樓2012-05-04 15:59:25

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13樓: Originally posted by rainbowind1 at 2012-05-04 15:57:20:
vasp.5.2的makefile

FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort
FCL=$(FC)
CPP_ = ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)
CPP = $(CPP_) -DHOST ...

CPP中加個-DIFC項(xiàng)，F(xiàn)FLAGS中去掉-lowercases，BLAS、和LAPACK都換MKL的試試（用共享庫，別用打包庫，容易出現(xiàn)缺defien的毛�。�

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16樓2012-05-04 16:02:17

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12樓: Originally posted by souledge at 2012-05-04 15:54:50:
只有一個原子的模型，除非box太大，否則不可能堆棧溢出，跑這么個東東用的內(nèi)存甚至比開個firefox都少一些。并且，segment fault也不是堆棧溢出的意思，而是段錯誤，段錯誤是由于指針或者內(nèi)存引用出現(xiàn)問題，而溢出 ...

我錯了

請看我的vasp5.2 makefile
請高人幫我分析一下。

FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort
FCL=$(FC)
CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)
CPP    = $(CPP_)  -DHOST=\"LinuxIFC\" \
      -Dkind8 -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc \
FFLAGS =  -FR -lowercase -assume byterecl
OFLAG=-O3
OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG  = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)
BLAS=  /home/jing/vasp/scc/GotoBLAS2/libgoto2_nehalem-r1.13.so
LAPACK= /home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib/lapack_double.o
LIB  = -L/home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib -ldmy \
   /home/jing/vasp/scc/vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
   $(BLAS)
FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /usr/local/fftw/lib/libfftw3.a

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17樓2012-05-04 16:03:52

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14樓: Originally posted by souledge at 2012-05-04 15:58:00:
對VASP 4.6，編譯器10和11更好點(diǎn)，但是對5.2，ifort 12的確沒發(fā)現(xiàn)什么問題，無論是intel平臺還是AMD平臺，無論是Red hat系還是Debian系還是SUSE系……

有人試過Gentoo系么……

沒試過12哈，我5.2就是11編譯的

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18樓2012-05-04 16:05:29

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★ ★
rainbowind1: 金幣+2 2012-05-04 16:18:12

引用回帖:

17樓: Originally posted by rainbowind1 at 2012-05-04 16:03:52:
我錯了

請看我的vasp5.2 makefile
請高人幫我分析一下。

FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort
FCL=$(FC)
CPP_ = ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional ...

1 GotoBLAS2你是使用gcc+ifort編譯的么？如果不是，可能會存在問題
2 fftw你是使用apt-get方式安裝的么？如果是，請到fftw官方網(wǎng)站下載后指定FC=ifort編譯后再使用
3 可已嘗試設(shè)置 OFLAG=-O2

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19樓2012-05-04 16:14:41

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引用回帖:

17樓: Originally posted by rainbowind1 at 2012-05-04 16:03:52:
我錯了

請看我的vasp5.2 makefile
請高人幫我分析一下。

FC=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ia32/ifort
FCL=$(FC)
CPP_ = ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional ...

請使用一下命令：

CODE:

cat Makefile | awk 'BEGIN{FS="="}$2!=""{print $0}' | sed '/#/d'

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20樓2012-05-04 16:28:27

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