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[求助]
如何用chemdraw畫配合物
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本人想做金屬離子配合物的分子模擬對接（用sybyl做），看到網(wǎng)上說可以用chemdraw畫配合物，于是我試了一下。確實可以畫。結(jié)果如圖所示： 但是當導入到chem3D的時候就有問題了，如下圖： ===== 問題： （1）這是什么原因？如何解決？ （2）如果我想做對接的話，還有別的軟件可以畫金屬離子配合物嗎？在sybyl軟件里可以畫嗎？ （3）畫好之后我用什么力場去優(yōu)化？ 。。。。。 本人比較菜，才學分子對接。。。。。。。。 希望大家多多指教。。。。。。 [ Last edited by x-cool on 2012-5-6 at 22:18 ] |
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我用GaussView搭建的構(gòu)型 標準的D5對稱性的二茂鐵 mol文件格式 抱走吧 |
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2012-05-06 22:28:34, 1.98 K
2樓2012-05-06 22:28:39
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zhou2009: 金幣+3 2012-05-07 08:34:26
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首先聲明我不懂力場啊 回答你的前兩個問題： （1）這是什么原因？如何解決？ ChemOffice簡直就是小孩子的玩具。Chem3D從ChemDraw結(jié)構(gòu)去猜立體結(jié)構(gòu)，鮮有不啼笑皆非的。沒有解決方法，惟一的方法就是換軟件。 （2）如果我想做對接的話，還有別的軟件可以畫金屬離子配合物嗎？在sybyl軟件里可以畫嗎？ 當然有，我一直用GaussView。當然VMD也完全可以。MS的圖形界面非常好用。還有ChemCraft等等很多漂亮的分子模型軟件。不過我最依賴的還是GaussView （3）畫好之后我用什么力場去優(yōu)化？ 這個問題還是去問“分子模擬吧”吧 |
3樓2012-05-06 22:36:15
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