 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 737 | 回復(fù): 6 | ||
| 本帖產(chǎn)生 1 個 翻譯EPI ，點擊這里進(jìn)行查看 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
黑色華金蟲 (小有名氣)
|
[求助]
求幫翻譯題目、及摘要
|
|
|
Improved mapping of protein binding sites Summary Computational mapping methods place molecular probes – small molecules or functional groups – on a protein surface in order to identify the most favorable binding positions by calculating an interaction potential. Mapping is an important step in a number of flexible docking and drug design algorithms. Wehave developed improved algorithms for mapping protein surfaces using small organic molecules as molecular probes. The calculations reproduce the binding of eight organic solvents to lysozyme as observed by NMR, as well as the binding of four solvents to thermolysin, in good agreement with x-ray data. Application to protein tyrosine phosphatase 1B shows that the information provided by the mapping can be very useful for drug design. We also studied why the organic solvents bind in the active site of proteins, in spite of the availability of alternative pockets that can very tightly accommodate some of the probes. A possible explanation is that the binding in the relatively large active site retains a number of rotational states, and hence leads to smaller entropy loss than the binding elsewhere else. Indeed, the mapping reveals that the clusters of the ligand molecules in the protein’s active site contain different rotational-translational conformers, which represent different local minima of the free energy surface. In order to study the transitions between different conformers, reaction path and molecular dynamics calculations were performed. Results show that most of the rotational states are separated by low free energy barriers at the experimental temperature, and hence the entropy of binding in the active site is expected to be high. |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
材料求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
【求調(diào)劑】新能源材料本科，一志愿211，初試321
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
336求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
材料工程322分
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
材料考研調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
生物學(xué)308分求調(diào)劑（一志愿華東師大）
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求生物學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
08生物與醫(yī)藥專碩初試346找調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
生物學(xué)327，求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
頻回眄睞
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
- 翻譯EPI: 110
- 應(yīng)助: 13 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.566
- 金幣: 17176.4
- 散金: 1586
- 紅花: 30
- 沙發(fā): 3
- 帖子: 3337
- 在線: 545.1小時
- 蟲號: 1238300
- 注冊: 2011-03-19
- 性別: GG
- 專業(yè): 金屬有機(jī)化學(xué)
高，實在是高，學(xué)習(xí)
7樓2012-05-10 18:43:27
頻回眄睞
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
- 翻譯EPI: 110
- 應(yīng)助: 13 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.566
- 金幣: 17176.4
- 散金: 1586
- 紅花: 30
- 沙發(fā): 3
- 帖子: 3337
- 在線: 545.1小時
- 蟲號: 1238300
- 注冊: 2011-03-19
- 性別: GG
- 專業(yè): 金屬有機(jī)化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
黑色華: 金幣+5, 翻譯EPI+1, ★有幫助, mapping 一個動詞噢~ 2012-05-09 09:15:54
愛與雨下: 金幣+1 2012-05-10 18:40:13
sltmac: 金幣+25 2012-05-26 10:52:22
黑色華: 金幣+5, 翻譯EPI+1, ★有幫助, mapping 一個動詞噢~ 2012-05-09 09:15:54
愛與雨下: 金幣+1 2012-05-10 18:40:13
sltmac: 金幣+25 2012-05-26 10:52:22
|
蛋白結(jié)合位點的改進(jìn)的映射 總結(jié)： 計算映射法固定探針分子 — — 小分子或官能團(tuán) — — 通過計算潛在的蛋白表面相互作用上確定最有利的綁定位置。用小分子蛋白表面或有機(jī)官能團(tuán)映射是大量的柔性對接和藥物設(shè)計算法的重要一步。 我們使用分子探針的有機(jī)小分子蛋白表面開發(fā)改進(jìn)的映射算法。我們計算在x 射線數(shù)據(jù)良好協(xié)議中有機(jī)溶劑對溶菌酶核磁共振，觀察綁定的現(xiàn)象，以及對嗜熱菌蛋白酶和四個溶劑的綁定的影響。蛋白酪氨酸磷酸酶 1B 的應(yīng)用顯示映射所提供的資料可以是非常有用的藥物設(shè)計。我們還研究為何有機(jī)溶劑中的蛋白質(zhì)可以替代綁定非常緊密的探針以及某些探測器。一個可能的解釋是相對較大的活動網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)中綁定保留一些旋轉(zhuǎn)的空間，因此導(dǎo)致小熵?fù)p失比其他地方的綁定更加穩(wěn)定。事實上，映射揭示了蛋白質(zhì)的活動網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)中配體分子的群集，它包含了不同的旋轉(zhuǎn)平面，代表著不同的表面自由能的局部極小值。為了研究不同形式的轉(zhuǎn)換，我們進(jìn)行了反應(yīng)路徑和分子動力學(xué)的計算。結(jié)果顯示大多數(shù)旋轉(zhuǎn)分隔低，能源壁壘高，因此綁定的熵預(yù)計要高。 |
2樓2012-05-08 23:48:17
黑色華
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 1107.6
- 散金: 58
- 紅花: 1
- 帖子: 110
- 在線: 82小時
- 蟲號: 1724307
- 注冊: 2012-03-29
- 性別: MM
- 專業(yè): 半導(dǎo)體晶體與薄膜材料
題目里面有點不對勁啊 3樓2012-05-09 09:13:53
頻回眄睞
至尊木蟲 (職業(yè)作家)
- 翻譯EPI: 110
- 應(yīng)助: 13 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.566
- 金幣: 17176.4
- 散金: 1586
- 紅花: 30
- 沙發(fā): 3
- 帖子: 3337
- 在線: 545.1小時
- 蟲號: 1238300
- 注冊: 2011-03-19
- 性別: GG
- 專業(yè): 金屬有機(jī)化學(xué)
黑色華4樓2012-05-09 11:31:27
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 08工科275分求調(diào)劑 +13 | AaAa7420 2026-03-31 | 13/650 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 296求調(diào)劑 +4 | 汪！？！ 2026-03-31 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 266分求材料化工冶金礦業(yè)等專業(yè)的調(diào)劑 +7 | 哇呼哼呼哼 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 362求調(diào)劑 +13 | 西南交材料專碩3 2026-03-31 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 086502化學(xué)工程342求調(diào)劑 +7 | 阿姨復(fù)古不過 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +8 | 三水sss 2026-04-01 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0710生物學(xué)求調(diào)劑！ +6 | 敘述文 2026-03-31 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿西交大080500材料學(xué)碩349 +6 | jqx1258 2026-03-31 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京科技大學(xué)材料學(xué)碩328分求調(diào)劑 +4 | 1段時間 2026-03-31 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 080500-315分復(fù)試調(diào)劑 +9 | 上岸3821 2026-03-31 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +5 | 丟掉懶惰 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +6 | AZMK 2026-03-29 | 9/450 |
|
|
|
[考研]
 105500藥學(xué)求調(diào)劑，一志愿山東大學(xué)藥學(xué)，348分
+3
|
gr哈哈哈 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑 +6 | 丹青奶蓋 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +10 | lin0039 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +5 | Y-cap 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 343求調(diào)劑 +6 | 愛羈絆 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 279求調(diào)劑 +4 | 蝶舞輕繞 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿南京航空航天大學(xué)材料學(xué)碩求調(diào)劑 +3 | @taotao 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-27 | 7/350 |
|