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jugengfans金蟲 (正式寫手)
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[求助]
求助！沒(méi)有CHGCAR和WAVECAR生成！以前都有的，到底出了什么毛病~
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我是用openpbs送任務(wù)的，以前一直好好的，這幾天發(fā)現(xiàn)出了如下問(wèn)題： 1. 做結(jié)構(gòu)優(yōu)化，離子步已經(jīng)進(jìn)行了幾步了，但CHGCAR和WAVECAR的大小都為0K！ 2. 以前送任務(wù)的時(shí)候 ，當(dāng)任務(wù)運(yùn)行時(shí)openpbs會(huì)在文件夾里產(chǎn)生兩個(gè)文件。如vasp.o9715 vasp.e9715，一個(gè)存放輸出文件，一個(gè)存放出錯(cuò)信息，現(xiàn)在這兩個(gè)文件也找不著了！到底怎么了？ |
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jugengfans
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jugengfans: 回帖置頂 2012-05-19 04:47:38
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接近問(wèn)題的根源了！繼續(xù)求助！ Job id Name User Time Use S Queue ------------------- ---------------- --------------- -------- - ----- 5922.node0 vasp land 0 Q batch 我用openpbs送了個(gè)4個(gè)節(jié)點(diǎn)并行的任務(wù)上去，但是它跑都不跑。 是因?yàn)橛脖P沒(méi)空間了吧！以前也遇到過(guò)跑到一半任務(wù)莫名奇妙終止的現(xiàn)象， 而以前每次清理完硬盤空間，再送任務(wù)就好了。 但是奇怪的是，我df了一下 Filesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on /dev/sda3 860878904 294891556 522257216 37% / /dev/sda1 101086 13025 82842 14% /boot none 2020496 0 2020496 0% /dev/shm 還有522G的可用空間��！為什么vasp算不了了呢�。【让�！ |
7樓2012-05-19 04:47:31
redsnowolf
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【答案】應(yīng)助回帖
| 我的也是，pbs???交的作業(yè)，貌似任務(wù)資??需求??沒(méi)那么高的??，???交核數(shù)過(guò)多就??算，比如我的???一個(gè)作業(yè)???交24核完全算??動(dòng)，內(nèi)存???用率???有0.1%，??增加核數(shù)也是一樣，但如果改??16個(gè)核就跑起???了，而且很快～至于說(shuō)離??弛豫一步???CHGCAR和WAVECAR大??為零的事兒，貌似vasp???在優(yōu)化結(jié)????????寫這兩個(gè)文件，幾何優(yōu)化時(shí)CHGCAR文件存儲(chǔ)的是最???一步弛豫結(jié)果對(duì)應(yīng)的電???密度，和?????計(jì)算的是一樣的，??過(guò)CONTCAR和CHG文件是??弛豫一步就寫一次 |
15樓2012-05-25 11:30:37
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
fzx2008: 應(yīng)助指數(shù)-1, 違規(guī)存檔, 非應(yīng)助請(qǐng)不要點(diǎn)應(yīng)助回帖 2012-05-10 14:08:44
fzx2008: 應(yīng)助指數(shù)-1, 違規(guī)存檔, 非應(yīng)助請(qǐng)不要點(diǎn)應(yīng)助回帖 2012-05-10 14:08:44
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2樓2012-05-10 13:54:23
jugengfans
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| 頂一下 |
3樓2012-05-10 20:00:33
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4樓2012-05-10 21:12:34
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5樓2012-05-11 13:04:19
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6樓2012-05-14 17:25:50
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8樓2012-05-20 20:46:57
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9樓2012-05-21 08:22:05
buct2010
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
賀儀: 金幣+1, 專家考核, 謝謝指教！ 2012-05-21 22:58:39
jugengfans: 金幣+3, ★有幫助, 問(wèn)題是，這樣豈不是突然斷電的話無(wú)法接著算啦~ 2012-05-23 03:58:04
賀儀: 金幣+1, 專家考核, 謝謝指教！ 2012-05-21 22:58:39
jugengfans: 金幣+3, ★有幫助, 問(wèn)題是，這樣豈不是突然斷電的話無(wú)法接著算啦~ 2012-05-23 03:58:04
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只有體系的能量達(dá)到設(shè)置精度后，計(jì)算要結(jié)束了（OSIZCAR 完全輸出后），才會(huì)輸出WAVECAR 和 CHGCAR。我是在計(jì)算的時(shí)候盯著看的，呵呵 OSIZCAR： 43 F= -.22342121E+03 E0= -.22342121E+03 d E =-.309106E-03 N E dE d eps ncg rms rms(c) DAV: 1 -0.223420932617E+03 -0.22342E+03 -0.16281E-01 6956 0.100E+00 0.639E-02 DAV: 2 -0.223421324122E+03 -0.39151E-03 -0.43524E-03 8248 0.191E-01 0.293E-02 DAV: 3 -0.223421322520E+03 0.16020E-05 -0.12404E-04 8200 0.357E-02 0.188E-02 DAV: 4 -0.223421319851E+03 0.26686E-05 -0.18298E-05 5388 0.261E-02 44 F= -.22342132E+03 E0= -.22342132E+03 d E =-.107381E-03 N E dE d eps ncg rms rms(c) DAV: 1 -0.223421321146E+03 -0.22342E+03 -0.21027E-03 7080 0.114E-01 0.985E-03 DAV: 2 -0.223421325022E+03 -0.38758E-05 -0.52967E-05 6924 0.225E-02 45 F= -.22342133E+03 E0= -.22342133E+03 d E =-.112552E-03 N E dE d eps ncg rms rms(c) DAV: 1 -0.223421280561E+03 -0.22342E+03 -0.34872E-02 7076 0.452E-01 0.296E-02 DAV: 2 -0.223421371945E+03 -0.91384E-04 -0.10095E-03 8216 0.886E-02 0.131E-02 DAV: 3 -0.223421373468E+03 -0.15229E-05 -0.26013E-05 5284 0.151E-02 46 F= -.22342137E+03 E0= -.22342137E+03 d E =-.484466E-04 |
10樓2012-05-21 17:28:34
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