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viger87木蟲 (正式寫手)
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[求助]
amber11+openmpi多節(jié)點(diǎn)并行計(jì)算速度變慢
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計(jì)算平臺：6臺臺式電腦，各2個cpu,用openmpi并行 12cpu并行命令為：mpirun -np 12 -machinefile ** -prefix ** --mca pls_rsh_agent rsh --mca btl self,tcp sander.MPI -O -i ****** 運(yùn)行命令后，每臺機(jī)器上都有兩個sander.MPI進(jìn)程，且cpu使用都是100%左右 測試結(jié)果如下： 情況 估計(jì)剩余時間 6臺共12cpu并行（sander.MPI）--------------- 300hours 1臺共2cpu并行（sander.MPI） --------------- 11hours 1臺共2cpu并行（sander） --------------- 20hours 1臺共1cpu并行（sanderI） --------------- 20hours 問題：為什么12cpu反而計(jì)算速度變慢了，12cpu一直使用率都是100%左右，如果不是在計(jì)算我所提交的作業(yè)，那都在計(jì)算什么？設(shè)置有問題還是并行通信的問題？ 望各位不吝賜教 [ Last edited by viger87 on 2012-5-12 at 22:32 ] |
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viger87
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 30 (小學(xué)生)
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- 專業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
2樓2014-07-08 10:54:59
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