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shiling1813新蟲 (小有名氣)
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[求助]
在lammps的neb計算中，如何限制原子在某個平面上運動？
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大家好 如標題，在lammps的neb計算中，如何限制原子在某個平面上運動？ 兄弟我在限制原子在某個平面上運動的前提下，進行l(wèi)ammps的neb計算，不知可行嗎？ 在lammps中有什么命令可以限制原子在某個平面上運動？ 我試驗過fix planeforce和velocity命令聯(lián)用，但那樣好像改變了neb 計算中的原子上的力和速度，會影響動力學過程，并且和fix neb命令沖突，也沒起到限制原子運動的作用。下面是我寫的in文件，請批評指正。 units metal boundary f f p atom_style atomic neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 5 atom_modify map array sort 0 0.0 variable u uloop 20 lattice fcc 1 read_data intcrack100Gparelax3 region box1 block 8 118 5 117 0 20.06075 region noboundaryatoms block 9 161 5 237 0 20.06075 pair_style eam/alloy pair_coeff * * nialre_djp.eam.alloy Ni Al Re group nobound region noboundaryatoms group fixedatoms1 id == 4421 group boundaryatoms subtract all nobound fix 1 boundaryatoms setforce 0.0 0.0 0.0 fix 2 fixedatoms setforce 0.0 0.0 0.0 region planemove block 8 130.851 5 117 0 20.06075 group planemoveg region planemove velocity planemoveg set 0 0 0 fix hold1 planemoveg planeforce 1.4142 1 0 minimize 1.0e-6 1.0e-7 1000 10000 reset_timestep 0 timestep 0.005 fix 5 nobound neb 1.0 unfix hold1 fix hold2 planemoveg planeforce 1.4142 1 0 velocity planemoveg set 0 0 0 thermo 100 dump 1 all custom 22000 dump.neb.$u id type x y z min_style quickmin neb 0.0 0.005 2000 20000 100 relax100quench |
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2樓2015-07-02 21:27:00
shiling1813
新蟲 (小有名氣)
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我剛看到你的問題。不好意思，我不是經(jīng)常上論壇。 在NEB計算中，只取一個中間鏡像態(tài)肯定不行，你得自己指定一些中間過渡態(tài)的個數(shù)，具體命令見上面我帖子中的命令：variable u uloop 20。這個命令實際上指定了18個過渡態(tài)（包括初末態(tài)共20個態(tài)）。另外，在運行NEB計算時，需要你自己指定服務器或集群cpu的核數(shù)，我運行時，是指定20個核（恰好等于20個態(tài)的數(shù)目）。 初態(tài)原子坐標是用read_data指定的，末態(tài)原子坐標是用“neb 0.0 0.005 2000 20000 100 relax100quench”中的relax100quench指定的。relax100quench是我自己構造的末態(tài)構形的原子坐標文件。你需要自己構造你的初態(tài)和末態(tài)構形文件，然后讀入lammps才能執(zhí)行NEB計算。 |
3樓2015-07-15 20:03:41
xxxxzzz
金蟲 (正式寫手)
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4樓2015-12-09 15:08:58
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你好，請問ERROR: Cannot use NEB with a single replica (../neb.cpp:139)。問題解決了嗎？可以分享一下解決方法嗎？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
5樓2017-05-09 21:24:42
zlsnow
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