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[資源]
（侯氏出品）StepByStep學(xué)習(xí)核酸序列分析軟件DNAssist1.0
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StepByStep學(xué)習(xí)核酸序列分析軟件DNAssist1.0 我始終抱著這樣的想法，“一個(gè)例子學(xué)會(huì)一個(gè)軟件的基本使用”。其實(shí)用幾分鐘就可以學(xué)會(huì)那些我們經(jīng)常需要使用的功能。感謝jnuxz和zyh961171網(wǎng)友的加盟，讓我們把領(lǐng)初學(xué)者進(jìn)門的努力進(jìn)行到底！ 做DNAssist的StepByStep的時(shí)候，我想起了剛上博士的時(shí)候在實(shí)驗(yàn)室里，我們拿到測(cè)序結(jié)果時(shí)，通常要找個(gè)師兄弟，一個(gè)人“ATGC……”地高聲念著期望的序列，一個(gè)人聽著，“塔塔塔……啪”地三下光標(biāo)一下空格鍵地把測(cè)序結(jié)果分成一個(gè)個(gè)密碼子，看堿基序列和閱讀框有沒(méi)有出現(xiàn)錯(cuò)誤。每當(dāng)有節(jié)奏的“塔塔塔……啪”的聲音響起，我們就知道，又有人的測(cè)序結(jié)果來(lái)了。那里可是一個(gè)巨牛的實(shí)驗(yàn)室啊！直到有一天有個(gè)人不經(jīng)意地說(shuō)，有個(gè)軟件可以對(duì)測(cè)序結(jié)果的…… DNAssist可不僅僅是對(duì)測(cè)序結(jié)果的。它處理我們平常需要的一些關(guān)于DNA，RNA和蛋白質(zhì)的基本數(shù)據(jù)，對(duì)表達(dá)非常有幫助。這里用一個(gè)例子來(lái)說(shuō)明它的功能。主要演示①對(duì)測(cè)序報(bào)告（序列比對(duì)）；②DNA的物化性質(zhì)、限制性酶切位點(diǎn)圖譜分析；③分析蛋白質(zhì)的物化性質(zhì)、抗原性、疏水性。 1. 安裝好DNAssist1.0后，從開始/程序中打開這個(gè)軟件。 2.打開后的界面如圖。 3. 現(xiàn)在我們來(lái)進(jìn)行一個(gè)序列比對(duì)（Align）。我常這樣對(duì)比測(cè)序報(bào)告；或看某個(gè)基因在融合蛋白基因的哪個(gè)位置等。這里說(shuō)對(duì)測(cè)序結(jié)果。建立一個(gè)新的DNA序列，即file/new/DNA。然后把預(yù)期的DNA序列（如AB-CTB）拷進(jìn)去。注意：只能是純粹的ATGC，而不能有空格和其他字母，否則不能拷貝進(jìn)去！ 4.再同樣新建一個(gè)DNA序列，把測(cè)序結(jié)果拷貝進(jìn)去（自動(dòng)編為sequence 0）。也要注意同上！因?yàn)闇y(cè)序結(jié)果里面有N，必須把這些N去掉，一個(gè)不剩，否則拷不過(guò)去！如果覺(jué)得好長(zhǎng)的結(jié)果里面才有一個(gè)N而舍不得把序列都刪掉的話，就把它換成ATGC中的一個(gè)就可拷貝了，不過(guò)要自己記住。 網(wǎng)上打魚 2008-05-10 19:16 5.序列比對(duì)。用工具欄Analyze/Align...命令，出現(xiàn)Align sequences 窗口。將這兩個(gè)序列的名稱都點(diǎn)一下，選中，然后單擊Align。 6. 哇！怎么這樣啊！這么多沒(méi)有對(duì)上？！再去看測(cè)序結(jié)果和原來(lái)從NCBI上找到的序列對(duì)不對(duì)……原來(lái)是用的反向測(cè)序，我們需要用反向互補(bǔ)序列來(lái)對(duì)結(jié)果。 7. 將測(cè)序結(jié)果（sequence 0）全部選中，用Convert/Reverse-complement（反向互補(bǔ)）命令把它換過(guò)來(lái)。 8. 然后再進(jìn)行Analyze/Align……紫紅色部分都是序列相同的。前面是幾個(gè)是先頭幾個(gè)測(cè)序不太準(zhǔn)的，不管它。中間有一個(gè)C變成了A，是我做的突變。 網(wǎng)上打魚 2008-05-10 19:16 9. 再說(shuō)DNAssist其他功能。一個(gè)是找開放閱讀框（ORF）。用Analyze/Find ORF……命令可以找到閱讀框。它從第一個(gè)ATG開始找，到遇見一個(gè)終止密碼子為止。點(diǎn)Find next可以挨個(gè)找，點(diǎn)幾下就什么都明白了。 10.分析DNA物化性質(zhì)。用Analyze/Properties/Physicochemical命令，出現(xiàn)如下窗口。我們可以知道序列長(zhǎng)度為441bp，ATGC各有幾個(gè)，GC含量37%，單、雙鏈時(shí)的分子量，退火溫度等。 11. 酶切位點(diǎn)分析。這可是個(gè)十分重要的功能。用Analyze/Restriction mapping命令，出現(xiàn)Restriction enzymes 窗口。這里列舉了他們知道的所有酶切位點(diǎn)。你可以選擇其中你知道的所有酶（尤其是可能用到的酶，還是要多些），以免以后的結(jié)果中顯示了太多的酶切位點(diǎn)而令人目眩。確定。 12. 這里將結(jié)果用兩種方法顯示。一種是簡(jiǎn)捷的Graphic Map。一種是詳細(xì)的Restriction map。后者不但列出酶切位點(diǎn)在雙鏈DNA的哪個(gè)位置，還能夠列出相鄰酶的酶切片段的長(zhǎng)度和起止位置，以及出現(xiàn)和沒(méi)有出現(xiàn)的酶切位點(diǎn)。都可以打印下來(lái)。 13. DNAssist還有個(gè)很絕的功能，分析質(zhì)粒序列時(shí)可用Convert/Circularize命令將它環(huán)化后分析，就不會(huì)漏掉酶切位點(diǎn)了。 網(wǎng)上打魚 2008-05-10 19:17 14. 還可以做簡(jiǎn)單的蛋白質(zhì)分析。我們把剛才的那個(gè)AB-CTB序列用Convert/DNA→protein命令轉(zhuǎn)化為蛋白質(zhì)序列。 15.用Analyze/Properties/Physicochemical命令分析可以知道分子量16kD、氨基酸組成、等電點(diǎn)等物化性質(zhì)。 16.還可以用Analyze/Properties/Antigenicity 和Analyze/Properties/Hydrophobicity分析蛋白質(zhì)的抗原性和疏水性。[ 來(lái)自科研家族 神之領(lǐng)域 ] |
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