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hakuna

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8樓: Originally posted by souledge at 2012-05-25 22:47:27
OpenMP和OpenMPI是兩個東西，第一個是內(nèi)存共享的線程并行，第二個是進程并行MPI的一個實例化程序～前者在軟件有代碼支持的時候不需要外加程序就可以使用，在單機多核的并行效率比MPI高。后者MPI是無論是否編譯時采 ...

多敲了個I,那個地址應(yīng)該是OPENMP,還有VASP測試結(jié)果

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11樓2012-05-25 22:56:27

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souledge

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11樓: Originally posted by hakuna at 2012-05-25 22:56:27
多敲了個I,那個地址應(yīng)該是OPENMP,還有VASP測試結(jié)果...

就是這個地址，清晰的說VASP不支持OpenMP，所以用了其他的方法來測試并行效率。
首先文章介紹了測試的兩個程序，VASP和PWscf，前者是用MPI，后者支持OpenMP：

引用回帖:

NERSC provides a large number of precompiled Materials Science and Chemistry application codes, while majority of them are still flat MPI codes, eg., VASP, some of them have already had OpenMP directives added in the codes, eg., Quantum Espresso. To help to address the reduced per core memory on Hopper, and to take advantage of the imporved performance from using OpenMP, we chose two representative density functional theory (DFT) codes, VASP and Quantum Espresso codes, and analyzed their performance on Hopper upon the use of OpenMP and/or the multi-threaded BLAS library.

然后是上面有人已經(jīng)摘抄的一段：

引用回帖:

VASP is an application for performing ab-initio quantum-mechanical molecular dynamics (MD) calculations using pseudopotentials and a plane wave basis set. Currently it is the most frequently used DFT code at NERSC. VASP is written in Fortran90 and is parallelized with MPI. The current version of VASP (5.2.11) does not have OpenMP implemented in the code. However, by linking the code to the Cray multi-threaded scientific library (-lsci_mc12_mp) we are able to get some measure of the effects of threading upon its performance. This is a low-effort OpenMP implementation. We mesured the runtime and the memory usage of the two most commonly used iteration schemes, the RMM-DIIS and the blocked Davidson, for electronic iterations with two test cases that NERSC users provided.

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12樓2012-05-25 23:04:02

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hakuna

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12樓: Originally posted by souledge at 2012-05-25 23:04:02
就是這個地址，清晰的說VASP不支持OpenMP，所以用了其他的方法來測試并行效率。
首先文章介紹了測試的兩個程序，VASP和PWscf，前者是用MPI，后者支持OpenMP：

然后是上面有人已經(jīng)摘抄的一段：
...

那這個怎么理解“However, by linking the code to the Cray multi-threaded scientific library (-lsci_mc12_mp) we are able to get some measure of the effects of threading upon its performance........”

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13樓2012-05-25 23:08:34

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
fzx2008: 金幣+2, 謝謝指教 2012-05-26 12:30:47
zytcv: 金幣+5, ★有幫助 2012-05-31 17:45:05

如果服務(wù)器的處理器是intel的，而且是幾年前買的，肯定就是2個CPU，每個CPU4個核。
目前大多數(shù)我看到的vasp都是多進程版本，不是多線程版本的，因此如果不安裝MPI，應(yīng)該就不能跑并行程序，只能跑串行程序了。大多系統(tǒng)都自帶了MPI庫，一般都是openmpi。
vasp的安裝教程網(wǎng)上應(yīng)該都有，找找應(yīng)該能找到的。

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14樓2012-05-25 23:52:46

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13樓: Originally posted by hakuna at 2012-05-25 23:08:34
那這個怎么理解“However, by linking the code to the Cray multi-threaded scientific library (-lsci_mc12_mp) we are able to get some measure of the effects of threading upon its performance........”...

用MPI寫的程序都是send，recv之類的代碼，用OpenMP主要是在循環(huán)的地方加上一些編譯導(dǎo)語，指導(dǎo)編譯器如何進行代碼多線程化的編譯。
上面的這句話的意思要看完整段話，大概應(yīng)該是說部分代碼直接可以鏈接到cray多線程的數(shù)學庫，這樣就可以達到多線程對性能帶來的影響。因為部分代碼做計算時，可以直接調(diào)用庫，不必非要自己來寫。因此鏈接多線程的庫，自然在調(diào)用該函數(shù)的時候，計算進程就變成多線程的了，這樣就可以評價多線程的效果，但是只是部分地方可以這樣做，并不是全部地方都可以。更重要的是這樣做的目的只是為了評價多線程的性能而已，不是真正的改造。

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15樓2012-05-26 00:00:47

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15樓: Originally posted by zouming1979 at 2012-05-26 00:00:47
用MPI寫的程序都是send，recv之類的代碼，用OpenMP主要是在循環(huán)的地方加上一些編譯導(dǎo)語，指導(dǎo)編譯器如何進行代碼多線程化的編譯。
上面的這句話的意思要看完整段話，大概應(yīng)該是說部分代碼直接可以鏈接到cray多線程 ...

領(lǐng)教了，多謝謝

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16樓2012-05-26 08:45:18

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3樓: Originally posted by dxf_dxf_dxf at 2012-05-24 19:20:06
如果你想用多個進程同時計算，就需要使用MPI。VASP是不支持OpenMP的。
如果你不安裝MPI，一個計算任務(wù)就只有一個進程。
BTW，問一句CPU的個數(shù)和核的個數(shù)不一樣啊？

應(yīng)該不一樣吧？8個核不會是八個cpu吧...

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17樓2012-05-26 12:20:57

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14樓: Originally posted by zouming1979 at 2012-05-25 23:52:46
如果服務(wù)器的處理器是intel的，而且是幾年前買的，肯定就是2個CPU，每個CPU4個核。
目前大多數(shù)我看到的vasp都是多進程版本，不是多線程版本的，因此如果不安裝MPI，應(yīng)該就不能跑并行程序，只能跑串行程序了。大多系 ...

你好，教程看了不少，可是我安裝mpich2的時候，出現(xiàn)了f90 and f90flags are replaced by fc...這樣的錯誤，不知道怎么弄了...

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18樓2012-05-26 12:24:07

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2樓: Originally posted by hakuna at 2012-05-24 08:54:40
并行的話肯定需要MPI，并且按并行方式編譯才可以....
如果不是必須并行，譬如做NEB或大體系計算或趕時間，那就無所謂了，你可以同時多加幾個作業(yè)....

像這樣八個核，要算晶體的能帶等東西，要是不安裝并行的話，是不是只會調(diào)用一個核，而且速度會比并行的慢啊？

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19樓2012-05-26 12:28:06

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10樓: Originally posted by souledge at 2012-05-25 22:52:42
嚴格說，CPU個數(shù)是以sockets，也就是CPU接口為準的，說白了，就是買了一個CPU還是倆CPU。而核數(shù)是一個CPU內(nèi)又細分的核心數(shù)量。
由于現(xiàn)在基本都是多核心的CPU，所以對于多socket的工作站和服務(wù)器，都是按照core * ...

求教：
主板、CPU、核心(core)、socket之間是什么關(guān)系？
我的筆記本是i5-2430M的CPU，windows進程管理器顯示有4個CPU，據(jù)同學說我這個處理器有2個核，然后每個核又被虛擬成2個，所以一共4個，實際只有2個，這個說法有問題不？如果沒有問題，我的電腦有2個core，每個core有2個socket，是這樣么？

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20樓2012-05-26 13:23:21

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