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chenpingden銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
如何回復(fù)該SCI審稿意見(jiàn)回復(fù)---請(qǐng)生物芯片數(shù)據(jù)分析或生物信息學(xué)的大俠指教
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是這樣：一審中有一同行提出下列意見(jiàn)： The experiment has been designed with only two reps, I think that in these condition is essential to demonstrate that the biological replicate are consistent, therefore a R-squared linear correlation coefficients should be computed on the expression values for each set of biological reps. This was already requested during the first revision, but I could not find it in the revised version. If the R value is extremely high the two reps can be considered very similar, but if correlation value is not very high a number of genes have a different expression in the two reps of the same sample and this should suggest to use a third rep. 我的研究中設(shè)有5個(gè)處理，每個(gè)處理有3個(gè)生物學(xué)重復(fù)，但在實(shí)際做芯片雜交時(shí)，我每個(gè)處理只用了其中的2個(gè)生物學(xué)重復(fù)去做芯片分析（為省錢(qián)）。他說(shuō)我同一處理內(nèi)應(yīng)該用3個(gè)樣品的（3個(gè)生物學(xué)重復(fù)）的，用兩個(gè)重復(fù)的話，須通過(guò)芯片表達(dá)值數(shù)據(jù)用R平方做兩個(gè)樣品的線性相關(guān)性，檢查兩這個(gè)重復(fù)樣本是否高度相關(guān)（應(yīng)該是R平方>0.95吧），如果小于0.95，須選用第三個(gè)樣品來(lái)替代。在芯片數(shù)據(jù)分析軟件中(Flexarray), 我找不到（或不知道如何找）判定這一相關(guān)系數(shù)的方法。另外，我也不可能再做第三個(gè)重復(fù)的芯片，如何回答上述提問(wèn)，請(qǐng)高手賜教。 |
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