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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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929272582

鐵蟲 (初入文壇)

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[求助] 用amber運(yùn)行兩個(gè)zn離子蛋白動(dòng)力學(xué)問題

1.我用amber中的zinc.lib、leaprc.zn、hin.lib文件（含有一個(gè)zn離子蛋白）來做含有兩個(gè)zn離子的蛋白可以嗎？是否還要為兩個(gè)zn離子的蛋白重新生成自己的znb.lib和leaprc.zinc文件？

2.對(duì)蛋白進(jìn)行限制性（限制蛋白，優(yōu)化水分子）最小化處理時(shí)，最小化過程總是在一半進(jìn)程時(shí)就停止了，這是什么原因造成的？而全局最小化（蛋白、水分子一起優(yōu)化）時(shí)沒有此現(xiàn)象.

希望得到高手指點(diǎn)。謝謝

[ Last edited by 929272582 on 2012-5-30 at 21:28 ]

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1樓 2012-05-30 11:10:57

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liuwei4410

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2樓2012-06-01 09:32:14

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