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考研生涯金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
DS同源建模
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| 用DS做點(diǎn)突變后，準(zhǔn)備跑動(dòng)力學(xué)，想問(wèn)下還要不要優(yōu)化模型？如果需要的的話，怎么去做呢？本人是初學(xué)者，希望能說(shuō)清楚下，感激不盡啦~~~模板用的是晶體結(jié)構(gòu)。 |
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3樓2012-06-01 21:23:36
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-06-01 16:15:36
考研生涯: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-06-01 21:23:48
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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考研生涯: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-06-01 21:23:48
| 如果之前的模型已經(jīng)結(jié)構(gòu)很穩(wěn)定，經(jīng)過(guò)優(yōu)化的話只做個(gè)別點(diǎn)突變的模型與之前模型差別應(yīng)該不會(huì)很大，不做優(yōu)化問(wèn)題也不大，如果想要優(yōu)化的話，可以先來(lái)個(gè)sidechain refinement，接著分步做EM，最后做MD跑到平衡。 |
2樓2012-06-01 14:16:00
caixin5120 
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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4樓2012-06-03 13:20:58
考研生涯
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5樓2012-06-03 21:48:27
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