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lavinia金蟲 (正式寫手)
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[求助]
固體表面吸附計(jì)算
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大家好！請教個(gè)問題，我按照如下步驟進(jìn)行固體表面有機(jī)分子吸附操作： 1. 晶體結(jié)構(gòu)構(gòu)建：由ICSD數(shù)據(jù)庫下載cif文件后倒入，幾何優(yōu)化 2.表面剪切： Build | Surfaces/ cleave surface 3.分配立場：Discover/ set up/ typing 4.固定非表面原子，進(jìn)行Discover/minimizer優(yōu)化 5. 建超晶胞 6.此時(shí)所加真空層厚度為0 7.構(gòu)建有機(jī)分子，建立一個(gè)空的晶體結(jié)構(gòu)(此晶格參數(shù)與1的晶格參數(shù)同，對嗎？)，并把有機(jī)分子放入晶格中（Amorphous cell/ caculation/packing） 8.將步驟7所得有機(jī)分子與步驟6所得晶體表面上（所用模塊為Amorphous cell/ caculation/packing），結(jié)果出錯(cuò)提示：Unable to run Amorphous Cell. The density is too small. Ensure that the density is above the framework density. 請問如何改正8的錯(cuò)誤呢？另外，步驟7將有機(jī)小分子放進(jìn)空盒子后，發(fā)現(xiàn)此盒子不能完全容納此分子，怎么辦？步驟6為什么把真空層厚度設(shè)為0？ |
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lavinia
2樓2012-06-01 22:10:57
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