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ldy2140金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
scaffold在分子生物學(xué)領(lǐng)域是什么意思
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| 查生物信息學(xué)的數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)經(jīng)常會(huì)看到這個(gè)單詞scaffold，有時(shí)會(huì)以genomic scaffold出現(xiàn)，查過(guò)字典給的解釋是腳手架、支架。不知所云，望指點(diǎn)。 |
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readbycandle
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4樓2012-06-03 19:30:54
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2樓2012-06-03 15:12:38
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3樓2012-06-03 15:35:04
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給你舉個(gè)例子，比如一個(gè)基因組大小是1M，測(cè)序得到若干條reads，這些reads進(jìn)行拼接，如果完全可以拼接起來(lái)，中間沒(méi)有g(shù)ap的序列稱為contig，即連續(xù)的意思。如果中間有g(shù)ap,但是可以知道gap的長(zhǎng)度，這樣的序列就叫做scaffold, 即腳手架（非連續(xù)）的意思。 然后把contig和scaffold從長(zhǎng)到短進(jìn)行排列，然后相加，當(dāng)恰好加到1M的50%，也就是500k的時(shí)候，那一條contig或者scaffold的長(zhǎng)度就叫做Contig N50和Scaffold N50。很明顯這個(gè)數(shù)值越大說(shuō)明組裝的質(zhì)量越好。 |
5樓2013-05-13 14:27:06
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