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alan8410

木蟲 (正式寫手)

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[求助] 求助，編譯Nwchem 總一在一個(gè)地方出錯(cuò)：DMatrix-mpi.F

ifort -c -i8 -align -w -g -vec-report1 -O3 -prefetch  -unroll  -tpp7 -ip -xP -no-prec-div -I. -I/share/home/XX/sourcecode/openmpi/include -I/share/home/XX/sourcecode/nwchem-6.1/src/include -I/share/home/XX/sourcecode/nwchem-6.1/src/tools/install/include -DEXT_INT -DLINUX -DLINUX64 -DIFCV8 -DIFCLINUX -DPARALLEL_DIAG  -DMPI  DMatrix.F
ifort -c -i8 -align -w -g -vec-report1 -O3 -prefetch  -unroll  -tpp7 -ip -xP -no-prec-div -I. -I/share/home/sci_029/sourcecode/openmpi/include -I/share/home/XX/sourcecode/nwchem-6.1/src/include -I/share/home/XX/sourcecode/nwchem-6.1/src/tools/install/include -DEXT_INT -DLINUX -DLINUX64 -DIFCV8 -DIFCLINUX -DPARALLEL_DIAG  -DMPI  DMatrix-mpi.F
DMatrix-mpi.F(1363): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type. [STUPID_MSGLEN]
   stupid_msglen = 7*7
------^
DMatrix-mpi.F(1365): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type. [STUPID_DOUBLE]
   >                   stupid_double,stupid_sum,

有沒有蟲友遇到這個(gè)問題？用的mpi是mpich, openmpi, 都通不過！
是在北京計(jì)算中心編譯的，有沒有朋友在上面編譯成功的？

setenv USE_MPI  y
#setenv USE_MPIF y
setenv MPI_LOC  /share/home/sci_029/sourcecode/openmpi
setenv MPI_LIB  $MPI_LOC/lib
setenv MPI_INCLUDE  $MPI_LOC/include
setenv LIBMPI "-lmpi"

mpi部分腳本如上.

編譯器，ifort icc
setenv FOPTIMIZE "-O3 -xSSE2,SSE3,SSSE3,SSE4.1,SSE4.2 -no-prec-div -funroll-loops -multiple-processes=8 -unroll-aggressive"
setenv COPTIMIZE "-O3 -xSSE2,SSE3,SSSE3,SSE4.1,SSE4.2 -no-prec-div -funroll-loops"
#make FC=ifort CC=icc  nwchem_config

#setenv FC  /public/software/mpich2-1.0.7/bin/mpif77
#setenv CC  /public/software/mpich2-1.0.7/bin/mpicc
make FC=ifort CC=icc

[ Last edited by alan8410 on 2012-6-11 at 12:29 ]

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1樓 2012-06-11 12:11:19

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alan8410

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嗯，謝謝，上述問題在注釋掉#setenv USE_MPIF y 可以通過
mpich編譯通不過，openmpi可以通過，不過計(jì)算的時(shí)候，會(huì)出錯(cuò)，openmpi killed， MPI abborted，

最后下載了6.0的bin版本可以運(yùn)行，也省事，呵呵

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3樓2012-06-12 09:58:59

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gmy1990

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
alan8410: 金幣+30, ★有幫助 2012-06-12 09:59:15

在自己電腦上弄過，帖一個(gè)自己的筆記

服務(wù)器架構(gòu)x86_64，用戶：gmy
mpi版本：mpich2-1.1.1p1
編譯步驟：
1，更改環(huán)境變量
vi .bashrc
加上如下內(nèi)容
export LARGE_FILES=TRUE
export LIB_DEFINES="-DDFLT_TOT_MEM=16777216"
export USE_MPI=y
export MPI_LOC=/public/home/gmy/mpich2-install/
export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib
export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include
export LIBMPI="-lmpich"
export NWCHEM_TOP=/public/home/gmy/nwchem-6.1
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_TARGET_CPU=x86_64
export FC=ifort
export CC=gcc
export NWCHEM_MODULES=all
export PATH=$NWCHEM_TOP/bin/LINUX64:$PATH
2， source .bashrc
3， tar –xvf Nwchem-6.1-2012-Feb-10.tar.gz, 生存nwchem-6.1文件夾
4，進(jìn)入nwchem-6.1路徑下，再進(jìn)入src子路徑，執(zhí)行命令 make nwchem_config（這個(gè)比較快），完了之后再make，大概要半個(gè)小時(shí)編譯時(shí)間
5，編譯完之后，做個(gè)例子測試cd / nwchem-6.1/examples/qmd
做一個(gè)并行任務(wù)的計(jì)算例子，跑一個(gè)小分子水h2o_scf.nw 命令如下
mpirun –np 4 /public/home/gmy/nwchem-6.1/bin/LINUX64_x86_64/nwchem（這個(gè)是nwchem運(yùn)行程序的路徑） h2o_scf.nw
正常結(jié)束
Total times cpu: 1.6s wall: 16.5s

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2樓2012-06-12 09:31:02

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openmpi 編譯選項(xiàng)“-lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi -ldl -Wl,--export-dynamic -lnsl -lutil”

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4樓2012-06-12 14:23:22

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quantum999

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引用回帖:

3樓: Originally posted by alan8410 at 2012-06-12 09:58:59
嗯，謝謝，上述問題在注釋掉#setenv USE_MPIF y 可以通過
mpich編譯通不過，openmpi可以通過，不過計(jì)算的時(shí)候，會(huì)出錯(cuò)，openmpi killed， MPI abborted，

最后下載了6.0的bin版本可以運(yùn)行，也省事，呵呵

6.0的bin版本可以并行嗎？是mpi -np 。。。來并行嗎？

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5樓2012-06-13 08:37:01

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