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Nibelungen

新蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 化學(xué)生物學(xué)與生物有機(jī)化學(xué)

[求助] 用GAMESS進(jìn)行QM/MM運算時報錯

我在用GAMESS和TINKER結(jié)合的方式來進(jìn)行QM/MM計算。TINKER已經(jīng)在GAMESS中編譯好了，但是算文檔中給出的第一個進(jìn)行IMOMM計算的例子時卻出現(xiàn)如下錯誤：

DLC=.TRUE. AND AUTO=.TRUE. ARE NOT COMPATIBLE WITH LINEAR MOLECULES.
PLEASE USE LINEAR BEND COORDINATES IN $ZMAT.

輸入文件如下：

$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=optimize COORD=TINKER NZVAR=33 $END
$BASIS  GBASIS=sto NGAUSS=3  $END
$ZMAT DLC=.T. AUTO=.T. $END
$TINXYZ
13 Cyclopentene, Maseras and Morokuma J. Comp. Chem. 1995, 16, 1170
   1  C    -0.809200 -1.126700 -0.107500    2    2    3 11
   2  C    -1.400300 0.245100 -0.087400    1    1    4    5 6
   3  H    -1.420900 -2.040000 -0.149000    5    1
   4  C    -0.180000 1.163900 -0.012100    1    2    7    8 9
   5  H    -2.049300 0.379500 0.806900    5    2
   6  H    -1.974700 0.435900 -1.021500    5    2
   7  H    -0.214800 1.764100 0.924700    5    4
   8  H    -0.164900 1.842400 -0.894100    5    4
   9  C    1.068700 0.280400 -0.018000    1    4 10 11 12
10  H    1.688800 0.488300 -0.918500    5    9
11  C    0.519000 -1.107700 -0.070000    2    1    9 13
12  H    1.662100 0.432500 0.911300    5    9
13  H    1.157900 -2.003100 -0.076500    5 11
$END
$LINK IMOMM=.T. IQMATM(1)=1,11,3,13 $END
$TINKEY
parameters ~/gamess/tinker/params/mm2
$END

另外，這個分子分明是個環(huán)形的，為何錯誤提示上卻說是linear molecule呢？

回復(fù)此樓

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1樓 2012-06-12 23:09:41

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