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通過(guò)蛋白質(zhì)骨架還原全原子坐標(biāo)
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| 請(qǐng)問(wèn)，我現(xiàn)在知道蛋白質(zhì)每個(gè)氨基酸α-C的坐標(biāo)，如何還原其全原子結(jié)構(gòu)呢？而且要求α-C還在原來(lái)的位置。 |
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6樓2012-06-14 10:36:19
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-06-13 18:44:50
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-06-13 18:44:50
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如果你知道你的蛋白質(zhì)分子的名稱(chēng)，可以到PDB庫(kù)里去下載相應(yīng)的蛋白質(zhì)分子的PDB文件，這里面就包含了蛋白質(zhì)分子的坐標(biāo)信息，只是缺氫原子的坐標(biāo)，然后可以根據(jù)CHARMM力場(chǎng)中的拓?fù)湫畔�，使用VMD的一個(gè)插件（autopsf）把缺的H原子才出來(lái)。具體做法可以參考NAMD手冊(cè)和教程。 http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do |
2樓2012-06-13 16:37:19
3樓2012-06-13 17:05:27
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-06-13 18:45:06
草莓米粑: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝 2012-06-14 15:05:07
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2012-06-13 18:45:06
草莓米粑: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝 2012-06-14 15:05:07
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你應(yīng)該看這個(gè) Resolution transformation: Switching between atomistic and coarse-grained resolutions http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/downloads/tools |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
草莓米粑4樓2012-06-13 17:08:26
可是我用的不是 MARTINI 。 只是想說(shuō)有沒(méi)有什么蛋白質(zhì)的繪圖軟件可以通過(guò)α-C坐標(biāo)還原整個(gè)蛋白~ 5樓2012-06-14 08:48:16
7樓2012-06-14 10:53:24
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