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zhongyunxia新蟲 (小有名氣)
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[求助]
急求，vmd取殘基命令！
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| 各位大俠，我跑出了一個PA分子層層吸附碳納米管的結(jié)構(gòu)，想用VMD取出以碳管為中心每隔4A的一層分子的殘基。但是不知道怎么取，我只能先用(resname PA) and (within 4 of resname CNT)取出4A內(nèi)的PA分子。然后取出8A的，然后把8A剔除4A內(nèi)的殘基，才能取出第二層的分子。請教各位大神，有什么命令可以實(shí)現(xiàn)取出（4-8A）這種范圍的殘基啊。。。。。我總共要分10層，一共1800個殘基，實(shí)在是太麻煩了，請高手相助！�。「屑げ槐M（下面是我的初始結(jié)構(gòu)） |
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2012-06-18 09:47:11, 2.74 M
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zmz148002989
新蟲 (初入文壇)
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【答案】應(yīng)助回帖
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jiaoyixiong: 金幣+5, 鼓勵交流 2012-07-18 21:35:18
zhongyunxia: 金幣+15, ★★★很有幫助, 謝謝，其實(shí)我做的是把每層的pdb的原子寫成索引文件 2012-07-19 09:32:36
jiaoyixiong: 金幣+5, 鼓勵交流 2012-07-18 21:35:18
zhongyunxia: 金幣+15, ★★★很有幫助, 謝謝，其實(shí)我做的是把每層的pdb的原子寫成索引文件 2012-07-19 09:32:36
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不知道你是要取PDB文件還是什么意思，不過用VMD 做個循環(huán)，寫個.tcl的小腳本就可以。 如果是取PDB的話，這樣一個循環(huán)就應(yīng)該可以 for {set i 1 } {$i < 11 } { incr i } { set a 4 set 11 [atomselect top "resname PA and within $a*$i of resname CNT"] set 22 [atomselect top "resname PA and within $a*($i-1) of resname CNT"] set 33 [atomselect top "$22 not $11"] $33 writepdb $a*$i.pdb 你測試一下吧 |
2樓2012-07-18 21:10:41
zhongyunxia
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3樓2013-01-24 16:30:58
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