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aeolian1985木蟲 (小有名氣)
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[求助]
AUTODOCK tools中的flexible residues
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各位大家好： 我所做的蛋白活性中心是金屬，想把氨基酸殘基上的N、O與金屬的配位鍵設(shè)成可旋轉(zhuǎn)的，而不是氨基酸本身的鍵柔性，不知道在ADT上是否能實(shí)現(xiàn)？ 另外，我想學(xué)習(xí)一下Flexible residues的設(shè)置，就先從flexible residues打開pdbqt格式的處理好的蛋白，然后從edit選擇select from string,輸入我的活性中心可旋轉(zhuǎn)的氨基酸殘基的名稱，例如HIS374 add之后，再從下邊的工具行殘基的按鈕中選擇choose torsions設(shè)定你選擇的殘基哪根鍵可以旋轉(zhuǎn)，我選了choose torsion之后發(fā)現(xiàn)有些綠色的應(yīng)該是代表可以旋轉(zhuǎn)的，我沒什么要改的，就直接保存成flex的pdbqt格式，但是總是出錯，請教各位大牛們這是什么原因呢？ 如圖 另外“vina運(yùn)算的腳本里，增加flex一行的說明，運(yùn)算就可以了” 是加在conf.txt文件中么？應(yīng)該加的那行說明要怎么寫呢？ |
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aeolian1985
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3樓2012-06-25 16:55:07
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