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cenwanglai

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[交流] 【求助】ICSD結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)SOF的意義！

*data for ICSD #41140
Coll Code 41140
Rec  Date 1999/11/30
Mod  Date 2008/02/01
Chem Name Copper(I) Selenide - Low
Structured  Cu2 Se
Sum       Cu2 Se1
ANX       A2X
Min Name Berzelianite
D(calc)    7.41
Title    X-ray study of the average structure of Cu2 Se and of Cu1.8 S in the
         room temperature and high temperature phases
Author(s) Yamamoto, K.;Kashida, S.
Reference Journal of Solid State Chemistry
         (1991), 93, 202-211
         Golden Book of Phase Transitions, Wroclaw
         (2002), 1, 1-123
Unit Cell 5.694(7) 5.694(7) 5.694(7) 90. 90. 90.
Vol       184.61
Z          4
Space Group F m -3 m
SG Number 225
Cryst Sys cubic
Pearson    cF12
Wyckoff    f c a
R Value    0.065
Red Cell F  4.026 4.026 4.026 60 60 60 46.152
Trans Red 0.500 0.500 0.000 / 0.000 0.500 0.500 / 0.500 0.000 0.500
Comments Antifluorite type
         Stable above 471 K (2nd ref., Tomaszewski), 396-471 K: F4-
         3m, m.p. 1400 K
         AE: Cu1: Se4; Cu2; Se3; Se: Cu8
         Compound with mineral name: Berzelianite
         The structure has been assigned a PDF number (experimental
         powder diffraction data): 46-1129
         Structure type prototype : Cu2Se
         Temperature in Kelvin: 293
         Structure type : Cu2Se
         X-ray diffraction from single crystal
Atom  # OX SITE    x          y          z          SOF    H       ITF(U)
Se 1  -2 4 a 0          0          0             1.       0       0.039(2)
Cu 1  +1 8 c 0.25       0.25       0.25          0.37(7) 0    0.068(14)
Cu 2  +1 32 f  0.334(5) 0.334    0.334       0.158(28)  0    0.085(12)
*end for ICSD #41140

上面試Cu2Se的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。問題：倒數(shù)第三行和倒數(shù)第二行，有兩行SOF（site of fractional?)為分數(shù)的Cu原子坐標行。這個原胞中，Se的Site為4a, Cu 1 的site為8c，這個比例不是已經(jīng)符合Cu:Se=2:1的比例了嗎？為什么還會測出Ce 2的32 f？這個數(shù)據(jù)真實反映了Cu2Se中Cu:Se=2:1的組分特征嗎？

對于這里的兩行Cu原子， 8×0.37+32 ×0.158=8.02, 基本上也是符合Cu:Se=2:1的。這種小于1的SOF怎么體現(xiàn)在真實晶體結(jié)構(gòu)中的呢？

Cu2Se結(jié)構(gòu)模型

[ Last edited by cenwanglai on 2012-6-19 at 15:45 ]

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1樓 2012-06-19 14:43:03

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linhua0402313

版主 (文壇精英)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
cenwanglai: 金幣+5, 非常感謝。我是做第一性原理計算模擬，碰到分數(shù)占據(jù)的晶體結(jié)構(gòu)，建模非常困難。你的回復對我非常有幫助~ 2012-06-19 15:41:51
lijunjie84: 金幣+1, 斑斑辛苦了！ 2012-11-15 13:51:33

你的第二種分析是對滴
site代表的是晶體學中威克夫位置，sof代表的是原子在這個位置的占有率，一般理想的情況sof應該為1（即100%），但是由于合成條件或者晶體本身存在缺陷，所以在這些位點存在部分占據(jù)的情況（即占有率小于1），這些在一般的晶體學結(jié)構(gòu)解析的時候可以發(fā)現(xiàn)，在解析這些原子位點的時候溫度因子異常的高，所以必須使用部分占據(jù)的命令進行精修，所以可以得到精修的占有率，所以計算的時候總的原子數(shù)應該是占有率*威克夫位點前面的數(shù)字，這些同類原子的計算之和才是分子式的下標數(shù)字，所以你的第二種分析是對的，結(jié)果雖然和理想值有點偏差，這是正常的，因為精修的時候并沒有考慮化合價平衡的問題。
而這種無序的現(xiàn)象存在的晶體在性能上往往有比較有趣的現(xiàn)象，比如你舉的例子Cu2-XSe,由于Cu原子的無序，導致有較好的熱電性能，該研究最近在Nature已經(jīng)發(fā)表。

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3樓2012-06-19 15:14:20

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cenwanglai

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3樓: Originally posted by linhua0402313 at 2012-06-19 15:14:20
你的第二種分析是對滴
site代表的是晶體學中威克夫位置，sof代表的是原子在這個位置的占有率，一般理想的情況sof應該為1（即100%），但是由于合成條件或者晶體本身存在缺陷，所以在這些位點存在部分占據(jù)的情況（即 ...

能提供這篇Cu-Se Nature下載地址不？我檢索了一下，沒找到~

就這里的Cu2Se結(jié)構(gòu)而言，Cu的8+32=40個可能占據(jù)的位置上，Cu在 8 c site上以0.37幾率占據(jù)，在32 f site上以0.158幾率占據(jù)。那么
（1）在實際的晶體原子堆積模型里，Cu是如何排列的呢？
（2）Cu的無序，是在有限幾個位置上的無序。但這幾個位置有多重組合，是不是導致長程無序？
（3）固定尺寸的Cu2Se晶體，Cu的排列組合是不是有很多種？

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4樓2012-06-19 15:40:17

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fzx2008

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cenwanglai: 金幣+5, 謝謝提供鏈接~ 2012-06-19 20:44:51
linhua0402313: 金幣+1, 感謝版主熱心參與，我說的就是這篇文獻，辛苦了 2012-06-19 21:56:14

可以參看這篇
Copper ion liquid-like thermoelectrics
http://www.nature.com/nmat/journal/v11/n5/full/nmat3273.html

通訊作者是上硅所的Xun Shi or Lidong Chen

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5樓2012-06-19 19:32:24

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guodonglin

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版主，我想問下，你見出來的模型，Cu原子之間的距離是0.832哎嗎，反正我建出來是0.832哎，計算時，就說原子距離太小小了，不知道你的距離是什么，謝謝

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7樓2012-06-20 09:19:34

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cenwanglai

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7樓: Originally posted by guodonglin at 2012-06-20 09:19:34
版主，我想問下，你見出來的模型，Cu原子之間的距離是0.832哎嗎，反正我建出來是0.832哎，計算時，就說原子距離太小小了，不知道你的距離是什么，謝謝

距離是很小。

但是需要說明：我建出來的模型中，五個Cu原子組成的四面體，實際上是一個Cu原子的五個可能占據(jù)的位置。你讀讀我在計算模擬版發(fā)的帖子，可以了解一下。那片文章中的模型跟我們建的是一樣的。但是計算的時候需要技術(shù)處理。http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4646658&page=1#pid2

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8樓2012-06-20 09:40:10

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guodonglin

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引用回帖:

8樓: Originally posted by cenwanglai at 2012-06-20 09:40:10
距離是很小。

但是需要說明：我建出來的模型中，五個Cu原子組成的四面體，實際上是一個Cu原子的五個可能占據(jù)的位置。你讀讀我在計算模擬版發(fā)的帖子，可以了解一下。那片文章中的模型跟我們建的是一樣的。但是計 ...

“需要技術(shù)處理”，需要什么技術(shù)。版主知道嗎，望指點

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9樓2012-06-20 09:46:16

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cenwanglai

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9樓: Originally posted by guodonglin at 2012-06-20 09:46:16
“需要技術(shù)處理”，需要什么技術(shù)。版主知道嗎，望指點...

我說不清~，呵呵

畢竟沒有這樣做過~

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10樓2012-06-20 11:15:00

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楊尋

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cenwanglai: 金幣+1, 謝謝回復~ 2012-11-15 13:35:11

無序結(jié)構(gòu)，disorder crystal

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11樓2012-11-14 07:35:52

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10133202

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大神，想問下你在生成的Cu2 Se1的坐標是這樣么？但是坐標里面Cu和Se比例不對，這樣的坐標可以直接提交到vasp里算嗎？
Cu2Se
1.0
      5.6939997673       0.0000000000       0.0000000000
      0.0000000000       5.6939997673       0.0000000000
      0.0000000000       0.0000000000       5.6939997673
Se Cu
4 40
Direct
   0.000000000       0.000000000       0.000000000
   0.000000000       0.500000000       0.500000000
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