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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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一若舊夢

銅蟲 (初入文壇)

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[求助] 求助！gauss03中BSSE校正的問題

求助！gauss03中BSSE校正的問題
我想計算α-硝基萘和TNT之間能否形成氫鍵，通過MP2/6-311++G(d，p)分別計算了α-硝基萘的單點能和TNT 的單點能以及兩個分子在一起的單點能。再通過ΔE=E（AB）-E(A)-E(B)得到能量差。可是這個能量差不準(zhǔn)確，必須通過BSSE方法校正，可是為什么我用BSSE總是出錯�。�

如圖所示：

我的輸入命令是：%Section %Chk=Untitled-3.chk

            Route Section # RMP2(FC)/6-311++G(d,p) Opt  counterpoise=2

            Title  Section Untitled-3

            Charge, Multipl.  0  1

                           Molecule Specification
  6          0       4.560338 1.618156 -0.089617
   6          0       5.815798 2.128637 0.006929
   6          0       6.947036 1.283478 0.066041
   6          0       6.784170 -0.061692 0.015170
   6          0       5.489676 -0.633954 -0.095308
   6          0       4.358101 0.211032 -0.138311
   6          0       5.329559 -2.042418 -0.168744
   6          0       4.104053 -2.609191 -0.302790
   6          0       2.960555 -1.788481 -0.370841
   6          0       3.095672 -0.440260 -0.278208
   7          0       1.851536 0.318887 -0.307856
   8          0       0.979426 -0.076342 -1.027925
   8          0       1.745112 1.272264 0.401756
   1          0       3.720588 2.279786 -0.122468
   1          0       5.950383 3.194907 0.041058
   1          0       7.929867 1.711497 0.147559
   1          0       7.635528 -0.718198 0.052724
   1          0       6.208541 -2.660664 -0.119206
   1          0       3.990983 -3.675860 -0.356456
   1          0       1.984077 -2.219849 -0.470608
   6          0    -4.393816 -0.268290 -0.114353
   6          0    -4.165297 1.091910 -0.154956
   6          0    -2.899300 1.551491 0.125910
   6          0    -1.867735 0.685845 0.416007
   6          0    -2.138816 -0.667592 0.390910
   6          0    -3.398543 -1.216266 0.133778
   7          0    -2.651605 2.986795 0.118065
   8          0    -1.554001 3.353102 0.393576
   8          0    -3.570078 3.695433 -0.161413
   7          0    -5.787655 -0.652856 -0.348590
   8          0    -6.281296 -1.450078 0.387876
   8          0    -6.349490 -0.101933 -1.242956
   7          0    -0.993158 -1.534300 0.664498
   8          0    -0.866756 -2.522888 0.010059
   8          0    -0.246588 -1.182288 1.523525
   6          0    -3.636555 -2.710756 0.091020
   1          0    -4.957460 1.773358 -0.387866
   1          0    -0.880207 1.047595 0.619990
   1          0    -3.165340 -3.118989 -0.792426
   1          0    -4.685152 -2.941190 0.083654
   1          0    -3.185643 -3.190125 0.949416

如果不對，誰能告訴我BSSE的輸入命令怎么輸�。�！請盡量說詳細(xì)點��！是不是跟Charge, Multipl有關(guān)？多謝��！

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1樓 2012-06-22 16:13:47

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gujing136

禁蟲 (文壇精英)

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gmy1990: 金幣+3 2012-06-22 17:08:18

首先你沒有設(shè)置分子片段，哪個部分是分子片段1，哪個是分子片段2。
第二，你沒有設(shè)置分子片段的電荷數(shù)和多重度，有個分子片段1的電荷數(shù)、多重度，分子片段2的，以及總的
第三，內(nèi)存是不是沒有設(shè)置，導(dǎo)致太小了算不下去？

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叫老貓的兔子

2樓2012-06-22 17:01:42

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一若舊夢

銅蟲 (初入文壇)

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引用回帖:

2樓: Originally posted by gujing136 at 2012-06-22 17:01:42
首先你沒有設(shè)置分子片段，哪個部分是分子片段1，哪個是分子片段2。
第二，你沒有設(shè)置分子片段的電荷數(shù)和多重度，有個分子片段1的電荷數(shù)、多重度，分子片段2的，以及總的
第三，內(nèi)存是不是沒有設(shè)置，導(dǎo)致太小了算不 ...

怎么設(shè)置分子片段1 和分子片段2 ��？
2、怎么設(shè)置分子片段的電荷數(shù)和多重度��？
本人小菜鳥，能不能說詳細(xì)點。有沒有相關(guān)資料？本人無限感激！

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3樓2012-06-22 22:51:46

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finesun

鐵桿木蟲 (著名寫手)

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

很簡單，如甲醇+水，gjf文件如下：
%chk=1.chk
%mem=12mw
# MP2/6-311++G(d,p) Opt  counterpoise=2

Title Card Required

0 1
C                -2.23131677 1.63583155 0.20830109 1
H                -1.87466234 0.62702155 0.20830109 1
H                -1.87464393 2.14022974 -0.66535042 1
H                -3.30131677 1.63584473 0.20830109 1
O                -1.75464185 2.30993380 1.37589142 1
H                -2.07440054 3.21511567 1.37630755 1
O                -2.03197324 4.67082275 1.66933740 2
H                -1.57666283 4.95221274 2.46627661 2
H                -2.59015021 5.38381576 1.35046526 2

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4樓2012-06-23 10:46:36

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夏天的娃

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
一若舊夢: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2012-06-24 13:50:08

一、電荷和多重度那一行，需要輸入總體系電荷和多重度，片段一的電荷和多重度，片段二的電荷和多重度。都是使用空格隔開
二、在描述分子坐標(biāo)的時候，每個原子結(jié)尾空格再加上數(shù)字1 或2,3.。。。n，n為你的總分子個數(shù)，表示該原子屬于第一個分子或第n個分子。
三、內(nèi)存可能不夠，你可以適當(dāng)增大。。
貼上一點我的為例：

%chk=MS-W_c0.chk
%nprocshared=2
%mem=300MW
# opt freq rb3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity counterpoise=2 pop=chelpg

****

-1 1 -1 1 0 1
S                2.65937359 -1.23767582 -0.88834234 1
O                4.12948866 -1.40064075 -0.84694120 1
O                2.24316655 -0.78869888 0.71240327 1
O                1.88679986 -2.47813609 -1.03903157 1
O                2.20454403 -0.09649792 -1.71319569 1
C                2.84981075 0.40988686 1.16713828 1
H                2.49748609 0.56773312 2.19070079 1
H                3.94320578 0.32569657 1.16704610 1
H                2.55616883 1.26377557 0.54485489 1
O                0.60081140 -2.82173918 1.56529076 2
H                0.89189018 -3.05353929 0.67820546 2
H                1.06612163 -2.00659723 1.77602391 2

1 2 2.0 3 1.0 4 2.0 5 2.0
2
3 6 1.0
4
5
6 7 1.0 8 1.0 9 1.0
7
8
9
10 11 1.0 12 1.0
11
12
  之前老是在木蟲上找解i決問題的方法，第一次應(yīng)助希望能幫到你

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5樓2012-06-23 12:11:57

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5樓: Originally posted by 夏天的娃 at 2012-06-23 12:11:57
一、電荷和多重度那一行，需要輸入總體系電荷和多重度，片段一的電荷和多重度，片段二的電荷和多重度。都是使用空格隔開
二、在描述分子坐標(biāo)的時候，每個原子結(jié)尾空格再加上數(shù)字1 或2,3.。。。n，n為你的總分子個數(shù) ...

能不能加下你QQ？我有好多問題要問，我的QQ604518859

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6樓2012-06-23 13:49:13

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引用回帖:

4樓: Originally posted by finesun at 2012-06-23 10:46:36
很簡單，如甲醇+水，gjf文件如下：
%chk=1.chk
%mem=12mw
# MP2/6-311++G(d,p) Opt  counterpoise=2

Title Card Required

0 1
C                -2.23131677 1.63583155 0.20830109 1
H    ...

謝謝！如果是兩個中性分子，電荷數(shù)和多重度都是設(shè)置的 0 1 ？

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7樓2012-06-23 23:19:49

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你的電荷數(shù)和多重度為什么設(shè)置-1 1 -1 1 0 1？
后面的1 2 2.0 3 1.0 4 2.0 5 2.0
2
3 6 1.0
4
5
6 7 1.0 8 1.0 9 1.0
7
8
9
10 11 1.0 12 1.0
11
12
代表什么意思？呵呵，問題比較繁瑣。

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8樓2012-06-23 23:21:36

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8樓: Originally posted by 一若舊夢 at 2012-06-23 23:21:36
你的電荷數(shù)和多重度為什么設(shè)置-1 1 -1 1 0 1？
后面的1 2 2.0 3 1.0 4 2.0 5 2.0
2
3 6 1.0
4
5
6 7 1.0 8 1.0 9 1.0
7
8
9
10 11 1.0 12 1.0
11
12
代表什么意思？呵呵，問題比較繁瑣。...

第一個-1 1代表總的電荷和多重度，第二個-1 1代表第一個片段的（它是個陰離子），第三個0 1代表第二個片段的，是中性分子。
坐標(biāo)后面的數(shù)字是因為我用的GV建模的，帶了原子鏈接，這個沒關(guān)系，沒有也可以

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9樓2012-06-24 10:28:58

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spearous

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總體系和片段的電荷，自旋多重度間，其實不用空格，用逗號隔開也可以的。。。

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10樓2012-06-26 12:11:14

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