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04nylxb木蟲 (正式寫手)
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[求助]
請教VASP如何在NEB計(jì)算之后做指前因子計(jì)算？ 已有1人參與
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各位蟲友，請教下如何做基元反應(yīng)的指前因子計(jì)算？ 我已經(jīng)用NEB算得各個(gè)基元反應(yīng)的過渡態(tài)TS，然后用IBRION=5算得了初態(tài)IS和過渡態(tài)TS的振動(dòng)頻率，請教下我下一步想計(jì)算這個(gè)基元反應(yīng)的指前因子該如何進(jìn)行？ TS的振動(dòng)頻率如下： 1 f = 92.530571 THz 581.386727 2PiTHz 3086.487540 cm-1 382.675821 meV 2 f = 91.000622 THz 571.773770 2PiTHz 3035.453918 cm-1 376.348456 meV 3 f = 89.696792 THz 563.581563 2PiTHz 2991.962823 cm-1 370.956245 meV 4 f = 88.963609 THz 558.974842 2PiTHz 2967.506488 cm-1 367.924045 meV 5 f = 44.392522 THz 278.926444 2PiTHz 1480.775110 cm-1 183.592781 meV 6 f = 42.647691 THz 267.963345 2PiTHz 1422.573802 cm-1 176.376736 meV 7 f = 42.237132 THz 265.383728 2PiTHz 1408.879031 cm-1 174.678800 meV 8 f = 40.467210 THz 254.262976 2PiTHz 1349.840772 cm-1 167.358986 meV 9 f = 39.998633 THz 251.318822 2PiTHz 1334.210736 cm-1 165.421108 meV 10 f = 38.207470 THz 240.064615 2PiTHz 1274.463979 cm-1 158.013452 meV 11 f = 37.127631 THz 233.279783 2PiTHz 1238.444413 cm-1 153.547593 meV 12 f = 35.446291 THz 222.715615 2PiTHz 1182.360961 cm-1 146.594129 meV 13 f = 29.415898 THz 184.825541 2PiTHz 981.208725 cm-1 121.654421 meV 14 f = 28.736996 THz 180.559870 2PiTHz 958.562973 cm-1 118.846705 meV 15 f = 26.972091 THz 169.470646 2PiTHz 899.692087 cm-1 111.547642 meV 16 f = 24.210747 THz 152.120609 2PiTHz 807.583565 cm-1 100.127637 meV 17 f = 19.444098 THz 122.170872 2PiTHz 648.585283 cm-1 80.414355 meV 18 f = 16.126666 THz 101.326829 2PiTHz 537.927648 cm-1 66.694552 meV 19 f = 14.947075 THz 93.915243 2PiTHz 498.580745 cm-1 61.816156 meV 20 f = 12.665846 THz 79.581859 2PiTHz 422.487143 cm-1 52.381749 meV 21 f = 10.823369 THz 68.005236 2PiTHz 361.028734 cm-1 44.761874 meV 22 f = 7.609496 THz 47.811876 2PiTHz 253.825470 cm-1 31.470359 meV 23 f = 7.048473 THz 44.286863 2PiTHz 235.111749 cm-1 29.150152 meV 24 f = 6.171422 THz 38.776187 2PiTHz 205.856466 cm-1 25.522958 meV 25 f = 3.928431 THz 24.683059 2PiTHz 131.038342 cm-1 16.246690 meV 26 f = 2.037916 THz 12.804604 2PiTHz 67.977558 cm-1 8.428146 meV 27 f = 1.804595 THz 11.338608 2PiTHz 60.194825 cm-1 7.463210 meV 28 f = 1.662093 THz 10.443236 2PiTHz 55.441440 cm-1 6.873865 meV 29 f = 1.097822 THz 6.897816 2PiTHz 36.619385 cm-1 4.540227 meV 30 f/i= 19.701824 THz 123.790210 2PiTHz 657.182086 cm-1 81.480223 meV IS的振動(dòng)頻率如下， 1 f = 92.795454 THz 583.051031 2PiTHz 3095.323060 cm-1 383.771286 meV 2 f = 90.777969 THz 570.374802 2PiTHz 3028.027021 cm-1 375.427638 meV 3 f = 89.049972 THz 559.517476 2PiTHz 2970.387246 cm-1 368.281214 meV 4 f = 87.612437 THz 550.485179 2PiTHz 2922.436248 cm-1 362.336046 meV 5 f = 79.297145 THz 498.238659 2PiTHz 2645.067974 cm-1 327.946750 meV 6 f = 48.079615 THz 302.093132 2PiTHz 1603.763287 cm-1 198.841377 meV 7 f = 42.508664 THz 267.089812 2PiTHz 1417.936357 cm-1 175.801766 meV 8 f = 42.172209 THz 264.975803 2PiTHz 1406.713426 cm-1 174.410299 meV 9 f = 40.516455 THz 254.572393 2PiTHz 1351.483414 cm-1 167.562648 meV 10 f = 39.951683 THz 251.023827 2PiTHz 1332.644653 cm-1 165.226938 meV 11 f = 38.958660 THz 244.784481 2PiTHz 1299.520981 cm-1 161.120125 meV 12 f = 35.368889 THz 222.229287 2PiTHz 1179.779126 cm-1 146.274022 meV 13 f = 35.236922 THz 221.400108 2PiTHz 1175.377153 cm-1 145.728246 meV 14 f = 32.129783 THz 201.877380 2PiTHz 1071.734166 cm-1 132.878149 meV 15 f = 30.348251 THz 190.683687 2PiTHz 1012.308667 cm-1 125.510324 meV 16 f = 28.748680 THz 180.633284 2PiTHz 958.952715 cm-1 118.895026 meV 17 f = 25.948363 THz 163.038374 2PiTHz 865.544201 cm-1 107.313842 meV 18 f = 22.889930 THz 143.821669 2PiTHz 763.525840 cm-1 94.665173 meV 19 f = 18.443536 THz 115.884154 2PiTHz 615.210120 cm-1 76.276361 meV 20 f = 14.020816 THz 88.095385 2PiTHz 467.684063 cm-1 57.985455 meV 21 f = 12.659890 THz 79.544432 2PiTHz 422.288446 cm-1 52.357113 meV 22 f = 10.507260 THz 66.019061 2PiTHz 350.484455 cm-1 43.454550 meV 23 f = 8.030931 THz 50.459828 2PiTHz 267.883017 cm-1 33.213273 meV 24 f = 5.159714 THz 32.419438 2PiTHz 172.109523 cm-1 21.338869 meV 25 f = 4.778452 THz 30.023899 2PiTHz 159.391997 cm-1 19.762096 meV 26 f = 3.847831 THz 24.176635 2PiTHz 128.349821 cm-1 15.913355 meV 27 f = 3.452137 THz 21.690417 2PiTHz 115.150897 cm-1 14.276897 meV 28 f = 1.668567 THz 10.483918 2PiTHz 55.657414 cm-1 6.900642 meV 29 f = 1.301056 THz 8.174774 2PiTHz 43.398544 cm-1 5.380736 meV 30 f = 0.693867 THz 4.359694 2PiTHz 23.144906 cm-1 2.869604 meV 請教下面該如何計(jì)算呢？ 是否手動(dòng)計(jì)算下IS的各個(gè)w連乘，再除以TS（除去虛頻）的各個(gè)w的連乘？ 非常感謝 |
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你看下面這篇文章吧，比較詳細(xì)，包含各種校正。腳本嗎還沒見過，其實(shí)自己寫一下也非常簡單，主要就是讀入數(shù)據(jù)，然后套公式算就行了。其實(shí)如果對EXCEL比較熟悉的話，用它處理也行。 參文：http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/pubs/henkelman06_044706.pdf |
04nylxb4樓2012-06-25 18:34:21
hakuna
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由頻率算配分函數(shù)（當(dāng)然可以直接利用每個(gè)振動(dòng)模式對應(yīng)的能量），然后嘛就參考這里吧： http://vallance.chem.ox.ac.uk/pdfs/TSTnotes.pdf 或 http://www.q1.fcen.uba.ar/materias/qf2/TCA.pdf |
2樓2012-06-25 18:12:05
04nylxb
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3樓2012-06-25 18:23:45
5樓2012-06-25 18:44:49
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