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wilsun7

銀蟲 (初入文壇)

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[求助] 計(jì)算費(fèi)米面時(shí)遇到的問題

大家好，本人新手，在計(jì)算費(fèi)米面時(shí)遇到一個(gè)問題：在運(yùn)行 bands_FS.x > bands_FS.out 時(shí)沒有任何反應(yīng)，查看系統(tǒng)監(jiān)視器，bands_FS.x 根本沒有運(yùn)行。希望大神幫我看看問題處在那。計(jì)算是參考的這個(gè)網(wǎng)站： http://valenhou.blog.edu.cn/2006/133295.html

以下附上本人的計(jì)算過程，希望和大家一起研究

第一步：自洽計(jì)算（pw.x < scf-FeSe.in > scf-FeSe.out）
輸入文件：
&CONTROL
               calculation = 'scf' ,
            restart_mode = 'from_scratch' ,
               wf_collect = .true. ,
                  outdir = './tmp' ,
               pseudo_dir = '/home/wilson/Downloads/espresso-4.3.1/Psudoptential_files',
                  prefix = 'FeSe' ,
               verbosity = 'high'
/
&SYSTEM
                     ibrav = 0,
               celldm(1) = 7.1148,
                     nat = 4,
                     ntyp = 2,
                     nspin = 1,
                  ecutwfc = 30.0 ,
                  ecutrho = 300.0 ,
               occupations = 'smearing' ,
                  degauss = 0.01 ,
                  smearing = 'methfessel-paxton' ,
/
&ELECTRONS
electron_maxstep = 500,
                  conv_thr = 1.0e-10 ,
               mixing_beta = 0.1 ,
         diagonalization = 'david' ,
/
CELL_PARAMETERS
   1.000000000 0.000000000 0.000000000
   0.000000000 1.000000000 0.000000000
   0.000000000 0.000000000 1.465600000
ATOMIC_SPECIES
Fe  55.85 Fe.pbe-sp-van.UPF
Se  78.96 Se.pbe-van.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
Fe 0.250000 0.75000 0.00000
Fe 0.750000 0.25000 0.00000
Se 0.250000 0.25000 0.26000
Se 0.75000 0.75000 0.74000
K_POINTS automatic
8  8  6 1 1 1

第二步：用kvecs_FS.x產(chǎn)生要計(jì)算費(fèi)米面時(shí)的密集網(wǎng)格k點(diǎn)（kvecs_FS.x < kvecs_FS.in > kvecs_FS.out）
kvecs_FS.in 文件如下：
kvecs_FS.in
1.000000 0.000000 0.000000
0.000000 1.000000 0.000000
0.000000 0.000000 0.682314
16 16 16
FeSe

然后 kvecs_FS.x < kvecs_FS.in > kvecs_FS.out
這時(shí)會生成文件kvecs_fese 包含了所有k點(diǎn)

第三步：進(jìn)行一次非自洽計(jì)算，計(jì)算這些k點(diǎn)的本征值(cat scf.in kvecs_FeSe > nscf.in)
把 scf 的輸入文件和生成的k點(diǎn)附加到nscf中。

輸入文件：
&CONTROL
               calculation = 'nscf' ,
            restart_mode = 'from_scratch' ,
               wf_collect = .true. ,
                  outdir = './tmp' ,
               pseudo_dir = '/home/wilson/Downloads/espresso-4.3.1/Psudoptential_files',
                  prefix = 'FeSe' ,
               verbosity = 'high'
/
&SYSTEM
                     ibrav = 0,
               celldm(1) = 7.1148,
                     nat = 4,
                     ntyp = 2,
                     nspin = 1,
                  ecutwfc = 30.0 ,
                  ecutrho = 300.0 ,
               occupations = 'smearing' ,
                  degauss = 0.01 ,
                  smearing = 'methfessel-paxton' ,
/
&ELECTRONS
electron_maxstep = 500,
                  conv_thr = 1.0e-10 ,
               mixing_beta = 0.1 ,
         diagonalization = 'david' ,
/
CELL_PARAMETERS
   1.000000000 0.000000000 0.000000000
   0.000000000 1.000000000 0.000000000
   0.000000000 0.000000000 1.465600000
ATOMIC_SPECIES
Fe  55.85 Fe.pbe-sp-van.UPF
Se  78.96 Se.pbe-van.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
Fe 0.250000 0.75000 0.00000
Fe 0.750000 0.25000 0.00000
Se 0.250000 0.25000 0.26000
Se 0.75000 0.75000 0.74000
K_POINTS
  4913
0.000000 0.000000 0.000000  1.00
0.000000 0.000000 0.042645  1.00
0.000000 0.000000 0.085289  1.00
   .....             .....          ......          ...
再run pw.x < nscf-FeSe.in > nscf-FeSe.out

第四步：用bands_FS.x將計(jì)算的k點(diǎn)以及相應(yīng)的本征值，轉(zhuǎn)換成xcrysden軟件的bxsf格式。
首先把 nscf-FeSe.out 復(fù)制到 Bands.out
然后新建文件input_FS ：
20 24
8.8449
FeSe
16 16 16
1.000000 0.000000 0.000000
0.000000 1.000000 0.000000
0.000000 0.000000 0.682314

再run bands_FS.x > bands_FS.out
然后應(yīng)該就可以了。我的問題出現(xiàn)在最后一步，前面3步一切正常。最后一步 bands_FS.x > bands_FS.out 后就沒反應(yīng)了。。。希望大家?guī)臀铱纯磫栴}出在哪兒。謝謝

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1樓 2012-06-27 06:44:38

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還是等牛人吧，我很驚訝現(xiàn)在這么多人做鐵硒，都看費(fèi)米面的nesting。但接下來如何做呢？

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2樓2012-06-27 08:46:07

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引用回帖:

2樓: Originally posted by gemucai at 2012-06-27 08:46:07
還是等牛人吧，我很驚訝現(xiàn)在這么多人做鐵硒，都看費(fèi)米面的nesting。但接下來如何做呢？

我也只是看paper時(shí)看到有人做，然后練習(xí)一下而已。。

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3樓2012-06-27 22:13:52

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
wilsun7: 金幣+1 2012-06-27 23:24:31
xueht987: 金幣+1, 謝謝回帖，鼓勵(lì)交流 2012-06-29 22:04:01

貌似需要運(yùn)行的命令不對？bands_FS.x > bands_FS.out
不需要輸入文件？

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4樓2012-06-27 23:15:32

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引用回帖:

4樓: Originally posted by goldenfisher at 2012-06-27 23:15:32
貌似需要運(yùn)行的命令不對？bands_FS.x > bands_FS.out
不需要輸入文件？

輸入文件是input_FS，但不知道為什么沒反應(yīng)，輸入命令我是依照前人的，請參考：http://valenhou.blog.edu.cn/2006/133295.html

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5樓2012-06-27 23:24:08

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
WDD880227: 金幣+1, 多謝提示 2012-06-28 09:36:32
wilsun7: 金幣+2 2012-06-28 10:43:15

引用回帖:

5樓: Originally posted by wilsun7 at 2012-06-27 23:24:08
輸入文件是input_FS，但不知道為什么沒反應(yīng)，輸入命令我是依照前人的，請參考：http://valenhou.blog.edu.cn/2006/133295.html...

對了，不要完全按照他的來做，費(fèi)米面都是我自己弄的。
他的shell腳本可要可不要，你自己復(fù)制粘貼是一樣的效果。其中的a1,a2,a3其實(shí)就是你*.scf.out里的倒空間基矢b1,b2,b3，復(fù)制粘貼就行了。nabc之類的他都給你了，費(fèi)米能級不用我說應(yīng)該就知道上哪兒找吧？

我用著方法做過鐵硒費(fèi)米面，沒問題，祝好運(yùn)。

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6樓2012-06-28 08:26:37

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引用回帖:

6樓: Originally posted by gemucai at 2012-06-28 08:26:37
對了，不要完全按照他的來做，費(fèi)米面都是我自己弄的。
他的shell腳本可要可不要，你自己復(fù)制粘貼是一樣的效果。其中的a1,a2,a3其實(shí)就是你*.scf.out里的倒空間基矢b1,b2,b3，復(fù)制粘貼就行了。nabc之類的他都給你了 ...

謝謝，輸入文件應(yīng)該沒問題，但就是不知道最后一步為什么不行，能否把你做的最后兩步的過程發(fā)一下，我看看我問題出在哪兒，非常感謝！

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7樓2012-06-28 10:43:03

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★
fzx2008: 金幣+1, 謝謝回帖！ 2012-06-28 20:50:09

引用回帖:

7樓: Originally posted by wilsun7 at 2012-06-28 10:43:03
謝謝，輸入文件應(yīng)該沒問題，但就是不知道最后一步為什么不行，能否把你做的最后兩步的過程發(fā)一下，我看看我問題出在哪兒，非常感謝！...

最后一步是
bands_FS.x bands_FS.out
侯老師寫漏了。

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8樓2012-06-28 11:03:07

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8樓: Originally posted by gemucai at 2012-06-28 11:03:07
最后一步是
bands_FS.x <bands.out> bands_FS.out
侯老師寫漏了。...

非常感謝。但我運(yùn)行后又出現(xiàn)了新問題。。
輸出結(jié)果是：
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 5, file stdin
Image             PC             Routine          Line       Source
bands_FS.x       000000000048005A  Unknown             Unknown  Unknown
bands_FS.x       000000000047EB56  Unknown             Unknown  Unknown
bands_FS.x       0000000000441070  Unknown             Unknown  Unknown
bands_FS.x       000000000040C35E  Unknown             Unknown  Unknown
bands_FS.x       000000000040B89F  Unknown             Unknown  Unknown
bands_FS.x       00000000004289B3  Unknown             Unknown  Unknown
bands_FS.x       00000000004271B7  Unknown             Unknown  Unknown
bands_FS.x       000000000040566C  MAIN__                   353  bands_FS.f90
bands_FS.x       0000000000402BCC  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00007F3D8EED1C4D  Unknown             Unknown  Unknown
bands_FS.x       0000000000402AC9  Unknown             Unknown  Unknown

感覺像是系統(tǒng)編譯的問題，但不知道具體怎么回事。。。

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9樓2012-06-28 22:49:58

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
wilsun7: 金幣+1, ★有幫助 2012-06-29 11:24:42
xueht987: 金幣+1, 謝謝回帖！ 2012-06-29 22:04:28

應(yīng)該是out這種格式。所以括號里應(yīng)跟input文件

[ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ]

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10樓2012-06-28 23:17:17

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