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yeli210金蟲 (小有名氣)
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[交流]
對同源模擬得到的受體是否需要保留晶體結(jié)構(gòu)中的水 已有1人參與
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在用AMBER構(gòu)建一個(gè)系統(tǒng)的時(shí)候，受體由于是他人采用兩個(gè)PDB結(jié)構(gòu)所構(gòu)建出來的，我得到的是一個(gè)不含水的受體。因此，就想請教下在構(gòu)建MD系統(tǒng)的時(shí)候是否需要將兩模板中的水加入到得到的受體中去？ 我加進(jìn)去看了下，發(fā)現(xiàn)部分水與受體殘基靠的太近，估計(jì)在同源模建的時(shí)候，對受體進(jìn)行了相應(yīng)的優(yōu)化。 請大家說說怎么辦？謝謝。 |
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2樓2012-06-28 09:44:41
yeli210
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3樓2012-06-28 10:33:39
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4樓2012-06-28 10:39:20
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7樓2012-06-29 09:59:22
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