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stefsui木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
新手vasp編譯不過(guò)，請(qǐng)指教～
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環(huán)境redhat 64位 cpu ：Q6600 想要安裝并行vasp 先裝的ifort 沒(méi)問(wèn)題，之后安裝MKL和openmpi，按照http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=4601283 中編譯了fftw 0.編譯MKL中的fftw 3.x Fortran wrapper library “ cd /opt/intel/mkl/10.1.0.015/interfaces/fftw3xf make libem64t compiler=intel 如果沒(méi)有安裝icc的話(huà),需要使用gcc,則 make libem64t compiler=gnu” 我把其中的libem64t改為intel64 安裝的gcc，所以使用了 make libintel64 compiler=gnu 之后編譯 vasp.5.lib，make沒(méi)有問(wèn)題 vasp.5.2下makefile文件也參考了上面的教程 .SUFFIXES: .inc .f .f90 .F SUFFIX=.f90 FC=mpif90 FCL=$(FC) CPP_ = ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX) CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \ -Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \ -DMPI_BLOCK=8000 \ -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV -DscaLAPACK FFLAGS = -I/opt/intel/mkl/include/fftw -FR -lower_case OFLAG=-O3 OFLAG_HIGH = $(OFLAG) OBJ_HIGH = OBJ_NOOPT = DEBUG = -FR -O0 INLINE = $(OFLAG) BLAS= -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread LAPACK= -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread SCA= /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a /opt/intel/mkl/lib/intel/libmkl_blacs_openmpi_lp64.a LIB = -L../vasp.5.lib -ldmy \ ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \ $(SCA) $(BLAS) FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /opt/intel/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a #----------------------------------------------------------------------- # general rules and compile lines #----------------------------------------------------------------------- BASIC= symmetry.o symlib.o lattlib.o random.o SOURCE= base.o mpi.o smart_allocate.o xml.o \ constant.o jacobi.o main_mpi.o scala.o \ asa.o lattice.o poscar.o ini.o xclib.o xclib_grad.o \ radial.o pseudo.o mgrid.o gridq.o ebs.o \ mkpoints.o wave.o wave_mpi.o wave_high.o \ $(BASIC) nonl.o nonlr.o nonl_high.o dfast.o choleski2.o \ mix.o hamil.o xcgrad.o xcspin.o potex1.o potex2.o \ metagga.o constrmag.o cl_shift.o relativistic.o LDApU.o \ paw_base.o egrad.o pawsym.o pawfock.o pawlhf.o paw.o \ mkpoints_full.o charge.o dipol.o pot.o \ dos.o elf.o tet.o tetweight.o hamil_rot.o \ steep.o chain.o dyna.o sphpro.o us.o core_rel.o \ aedens.o wavpre.o wavpre_noio.o broyden.o \ dynbr.o rmm-diis.o reader.o writer.o tutor.o xml_writer.o \ brent.o stufak.o fileio.o opergrid.o stepver.o \ chgloc.o fast_aug.o fock.o mkpoints_change.o sym_grad.o \ mymath.o internals.o dimer_heyden.o dvvtrajectory.o vdwforcefield.o \ hamil_high.o nmr.o force.o \ pead.o subrot.o subrot_scf.o pwlhf.o gw_model.o optreal.o davidson.o \ electron.o rot.o electron_all.o shm.o pardens.o paircorrection.o \ optics.o constr_cell_relax.o stm.o finite_diff.o elpol.o \ hamil_lr.o rmm-diis_lr.o subrot_cluster.o subrot_lr.o \ lr_helper.o hamil_lrf.o elinear_response.o ilinear_response.o \ linear_optics.o linear_response.o \ setlocalpp.o wannier.o electron_OEP.o electron_lhf.o twoelectron4o.o \ ratpol.o screened_2e.o wave_cacher.o chi_base.o wpot.o local_field.o \ ump2.o bse.o acfdt.o chi.o sydmat.o INC= vasp: $(SOURCE) $(FFT3D) $(INC) main.o rm -f vasp $(FCL) -o vasp main.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB) $(LINK) makeparam: $(SOURCE) $(FFT3D) makeparam.o main.F $(INC) $(FCL) -o makeparam $(LINK) makeparam.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB) zgemmtest: zgemmtest.o base.o random.o $(INC) $(FCL) -o zgemmtest $(LINK) zgemmtest.o random.o base.o $(LIB) dgemmtest: dgemmtest.o base.o random.o $(INC) $(FCL) -o dgemmtest $(LINK) dgemmtest.o random.o base.o $(LIB) ffttest: base.o smart_allocate.o mpi.o mgrid.o random.o ffttest.o $(FFT3D) $(INC) $(FCL) -o ffttest $(LINK) ffttest.o mpi.o mgrid.o random.o smart_allocate.o base.o $(FFT3D) $(LIB) kpoints: $(SOURCE) $(FFT3D) makekpoints.o main.F $(INC) $(FCL) -o kpoints $(LINK) makekpoints.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB) clean: -rm -f *.g *.f *.o *.L *.mod ; touch *.F main.o: main$(SUFFIX) $(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG) $(INCS) -c main$(SUFFIX) xcgrad.o: xcgrad$(SUFFIX) $(FC) $(FFLAGS) $(INLINE) $(INCS) -c xcgrad$(SUFFIX) xcspin.o: xcspin$(SUFFIX) $(FC) $(FFLAGS) $(INLINE) $(INCS) -c xcspin$(SUFFIX) makeparam.o: makeparam$(SUFFIX) $(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG) $(INCS) -c makeparam$(SUFFIX) makeparam$(SUFFIX): makeparam.F main.F # # MIND: I do not have a full dependency list for the include # and MODULES: here are only the minimal basic dependencies # if one strucuture is changed then touch_dep must be called # with the corresponding name of the structure # base.o: base.inc base.F mgrid.o: mgrid.inc mgrid.F constant.o: constant.inc constant.F lattice.o: lattice.inc lattice.F setex.o: setexm.inc setex.F pseudo.o: pseudo.inc pseudo.F poscar.o: poscar.inc poscar.F mkpoints.o: mkpoints.inc mkpoints.F wave.o: wave.inc wave.F nonl.o: nonl.inc nonl.F nonlr.o: nonlr.inc nonlr.F $(OBJ_HIGH): $(CPP) $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG_HIGH) $(INCS) -c $*$(SUFFIX) $(OBJ_NOOPT): $(CPP) $(FC) $(FFLAGS) $(INCS) -c $*$(SUFFIX) fft3dlib_f77.o: fft3dlib_f77.F $(CPP) $(F77) $(FFLAGS_F77) -c $*$(SUFFIX) .F.o: $(CPP) $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX) .F$(SUFFIX): $(CPP) $(SUFFIX).o: $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX) # special rules #----------------------------------------------------------------------- # these special rules are cummulative (that is once failed # in one compiler version, stays in the list forever) # -tpp5|6|7 P, PII-PIII, PIV # -xW use SIMD (does not pay of on PII, since fft3d uses double prec) # all other options do no affect the code performance since -O1 is used fft3dlib.o : fft3dlib.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX) fft3dfurth.o : fft3dfurth.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) radial.o : radial.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) symlib.o : symlib.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) symmetry.o : symmetry.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) wave_mpi.o : wave_mpi.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) wave.o : wave.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) dynbr.o : dynbr.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) asa.o : asa.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) broyden.o : broyden.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX) us.o : us.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX) LDApU.o : LDApU.F $(CPP) $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX) 只更改了mkl的路徑，現(xiàn)在的錯(cuò)誤是 make: *** No rule to make target `/opt/intel/mkl/lib/intel64/libfftw3xf_intel.a', needed by `vasp'. Stop. 我沒(méi)找到libfftw3xf_intel.a ，是編譯fftw的問(wèn)題嗎？ 求指教 [ Last edited by stefsui on 2012-7-2 at 23:48 ] |
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問(wèn)題完全在于不能使用gnu,必須用icc編譯的fftw. 我試過(guò)同樣的問(wèn)題。 解決辦法是裝個(gè)icc。臨時(shí)的解決辦法是不用mkl的fftw。 但是mkl的fft速度會(huì)快不少，最終的解決方案還是裝icc，重新編譯fftw。 我想在類(lèi)似的機(jī)器上，拷貝一個(gè)icc編譯好的mkl的fftw也行。 |
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stefsui2樓2012-07-03 02:47:55
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補(bǔ)充一下，你編譯的時(shí)候，如果沒(méi)有指定安裝路徑的話(huà)，它就在當(dāng)前目錄產(chǎn)生的。你ls一下，就可以看得到了。你可以把它拷貝到/opt/intel/mkl/lib/intel64/去，也可以把路徑修改成到實(shí)際所在目錄。 但即使這個(gè)路徑正確了，gcc編譯的，根據(jù)我以前的經(jīng)驗(yàn)，還是不行的。需要icc編譯才好。 |
3樓2012-07-03 02:52:03
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