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Nibelungen新蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何在GAMESS輸入文件中指定某個原子帶電？
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| 計算一個銅離子和一個蛋白質(zhì)結(jié)合后的能量，其中銅離子為+2價，請問要如何在GAMESS的輸入文件中指定這種帶電的特性？ |
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beefly
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gmy1990: 金幣+3 2012-07-03 13:10:43
gmy1990: 金幣+3 2012-07-03 13:10:43
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1，正確方法：由計算結(jié)果決定。在保證物理正確的前提下，可以做一些設(shè)置來獲得所需的價態(tài)。 2，強(qiáng)行設(shè)置Cu++。在$DATA部分使用下面的輸入 ...（其它原子的坐標(biāo)和基組） Cu -27.00 (x, y, z坐標(biāo)) （Cu的基組。不要用基組名稱，因為程序不知道27個負(fù)電荷代表什么元素） pcharge 29.00 (同樣的x, y, z坐標(biāo)) 這樣就定義了x,y,z位置有29個正電荷和27個電子，其中電子用Cu的某種基組來描述。不過這個計算沒有什么物理意義。 |
2樓2012-07-03 11:28:01
Nibelungen
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謝謝！ 不過在樓上的回答中我還有兩處不太明白： 1. “由計算結(jié)果決定”的意思是這樣的么：即使不在GAMESS的輸入文件中指定某個離子的價態(tài)，程序也能根據(jù)計算的過程中也能算出此離子應(yīng)有的價態(tài)？ 2. 我在GAMESS的輸入?yún)?shù)中看到在contrl group里有ICHARG這個參數(shù)，是否可以通過設(shè)置這一參數(shù)達(dá)到“在保證物理正確的前提下，可以做一些設(shè)置來獲得所需的價態(tài)”這一目標(biāo)？ 我是CS出身的，對于量化所需的化學(xué)和物理知識雖然也在學(xué)，但是感覺距離初步理解量化還有好長的路要走，問的問題也許很膚淺，見笑了~  |
3樓2012-07-03 22:34:37
4樓2012-07-04 21:37:26
beefly
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5樓2012-07-05 01:18:38
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7樓2012-07-15 20:02:46
8樓2013-07-26 16:21:41
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