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yalefield金蟲 (文壇精英)
老漢一枚
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[交流]
關(guān)于化學(xué)信息學(xué)的誤解與錯誤
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（1）化學(xué)信息學(xué)是研究表征化合物分子的大量數(shù)據(jù)（拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)、構(gòu)型、構(gòu)像、能量、譜圖、指紋、物理化學(xué)性質(zhì)等）的。不是如何查找網(wǎng)絡(luò)或者是文獻(xiàn)庫。 化學(xué)信息學(xué)的特殊性在于化合物分子的多樣性和相似性。 各位可以想一想： 為什么有生物信息學(xué)？ 為什么有化學(xué)信息學(xué)？ 如果化學(xué)信息學(xué)是文獻(xiàn)檢索，那么， 為什么沒有物理信息學(xué)？ 為什么沒有數(shù)學(xué)信息學(xué)？ （2）baidu的詞條“化學(xué)信息學(xué)”含有一些錯誤。 http://baike.baidu.com/view/469633.htm 特別是mdj1213提供的參考文獻(xiàn)之2、3是錯誤的！ 2005年初，梁逸曾、徐峻、姚建華等翻譯出版了J Gasteiger的 "Chemoinformatics--A Textbook"。 翻譯者情況： 徐峻十幾年前把他的質(zhì)譜譜圖解析技術(shù)賣了，現(xiàn)在在MDL公司； 至于姚建華，一直在袁身剛先生那里，不料袁先生病逝，因此事情就落在她身上了。 不過，翻印的質(zhì)量實在不好，很多不應(yīng)該的錯誤。例如： 在中文版第4、5頁上，是"1.3節(jié) 化學(xué)信息學(xué)的范疇"。 其中列出了幾個最早的"化學(xué)信息學(xué)"定義： 1) Brown Medicinal Chemistry, 1998, 33, 375~384 2) M. Hane, R. Green. Chemical Biology, 1999, 33, 375~384 3) G. Paris W. Warr 引自http//:www.warr.com/warrzone.htm 這三個重要的初始文獻(xiàn)，全部都錯了！ 正確的應(yīng)該是： 1) K. Brown. Annual Reports in Medicinal Chemistry 1998, 33:375~384 中文版錯誤： 作者少"名"， 期刊名殘缺 2) M. Hann, R. Green. Current Opinion in Chemical Biology, 1999, 3, 379~383 中文版錯誤： 作者"姓"錯誤， 期刊名殘缺， 卷號錯， 頁碼錯 3) 跟CCTV春節(jié)晚會一樣，來了個"http//:"，讓DNS上哪兒去解析？ http://baike.baidu.com/view/469633.htm [ Last edited by 小紅豆 on 2007-6-15 at 20:38 ] |
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2樓2007-05-11 10:12:16
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化學(xué)信息學(xué)Chemoinformatics是近些年提得較多的一個概念,但其認(rèn)可程度仍然遠(yuǎn)不如"生物信息學(xué)", 一個明顯的例子就是,好幾個雜志都含有"Bioinformatics"一詞,但至今沒看到含有"chemoinformatics"一詞的雜志. J. Gasteiger在書中給出的定義是:"Chemoinformatics is the application of informatics methods to solve chemical problems". 用信息技術(shù)解決化學(xué)問題. 這個定義比較廣泛而中肯,而之前的一些定義太偏向于制藥業(yè). |
3樓2007-05-11 14:21:49
yalefield
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問題就出在這里。 生物信息學(xué)能在2000年前后火起來，還不就是新藥研究給催的？ 人家還有個生物統(tǒng)計學(xué)，能分分流，把數(shù)細(xì)菌的和尋找Motif的區(qū)別對待。 化學(xué)信息學(xué)呢？ 別說各種Substances，就說有機(jī)分子本身，就有10的24次方那么大的空間。這可比生物信息學(xué)的研究對象復(fù)雜多了。 還是歐洲的QSAR & Combi Science比較實際，這個期刊名稱很具體。 像美國ACS的J Chem Inf Model，雖然改了名字，可是其“筐”的性質(zhì)沒變。 化學(xué)信息學(xué)本來也就是就是海量QSAR而已，算算Descriptor和Fingerprints，分析分析Diversity/Similarity。 讓新藥發(fā)現(xiàn)這么一鼓動，弄得連原來搞分析譜圖的Chemometrics都摻和進(jìn)來了。結(jié)果，literature informatics, spectra informatics和organic molecular informatics“糾合”在一起。Gasteiger當(dāng)了老大，才給個“中立”的定義。 看吧，等chemical biology有些成就之后，不把現(xiàn)在的化學(xué)信息學(xué)甩掉才怪呢。 [ Last edited by yalefield on 2007-5-11 at 19:02 ] |
4樓2007-05-11 18:10:00
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