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zhouzhiguang金蟲 (小有名氣)
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[求助]
如何從PDB庫中獲得相應(yīng)蛋白質(zhì)大分子的結(jié)構(gòu)？
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求助：我是個新手。想問一下PDB庫中大分子蛋白質(zhì)如何查詢，就是比如說CDK2，輸入后會有好多的，例如：1.CDK2 in complex with inhibitor JWS648 2.CDK2 in complex with inhibitor SU9516 3.Apo CDK2 crystallized from Jeffamine 4。CDK2 ternary complex with JWS648 and ANS 老板給我任務(wù)了的，合出了幾個藥理性質(zhì)比較好的化合物，讓我和CDK2進行對接。我一上PDB庫查找CDK2的結(jié)構(gòu)，有好多結(jié)構(gòu)啊。我想問一下應(yīng)該怎么選擇的？？？？還有如果選擇complex，怎么才能摳出里面的小分子？？？是不是摳出小分子的地方就可以作為活性口袋（活性位點），進行對接？？？謝謝了 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2012-07-09 22:04:54
zhouzhiguang: 金幣+2, ★★★很有幫助, 蠻不錯的 2012-07-09 22:10:40
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| 我覺得你要做對接，就選擇那些complex with xxx的晶體結(jié)構(gòu)，這樣的話，負(fù)責(zé)結(jié)合小分子的殘基都處于較為松弛的狀態(tài)，在你不考慮蛋白質(zhì)柔性的情況下，對接還比較容易取的較好的結(jié)果，其次，是選擇這一類型蛋白中分辨率最高的蛋白，去除小分子可以用很多軟件，比如記事本，pymol,等N種軟件，把對應(yīng)小分子的信息刪掉就行，如果你確定你的酶只有一個活性位點的話，那你摳掉的地方就可以作為對接的中心，如何對接的話則要學(xué)習(xí)使用各種對接軟件，比如Autodock, Autodock Vina等N種 |
2樓2012-07-09 20:16:52
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