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[交流] 擴散系數(shù)模擬的結果比資料上的小一個數(shù)量級

如題：我用MS進行分子擴散系數(shù)模擬時，結果比在手冊上查的小一個數(shù)量級，這是為啥呀？請各位給予解答呀、、
另外，想請教一下，最終出來MSD曲線，那個直線段的斜率數(shù)值單位是埃^2/ps，除以6之后，是不是要進行單位換算呀，手冊上是cm^2/s。
先行謝過呀、、

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1樓 2012-07-10 22:42:13

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yaneehan2010(金幣+1): 謝謝參與
chaizhm: 金幣+1, 謝謝~ 2012-07-11 08:47:11

你的擴散系數(shù)模擬MSD 曲線是取得哪一段做為斜率？不同位置，數(shù)據(jù)不一樣，單位換算肯定是要換算的，過程不麻煩。而且你的擴散系數(shù)與手冊有差別也是正常的，你的計算設置也影響結果的，你做的是什么系綜？

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2樓2012-07-11 08:33:58

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chaizhm

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★
yaneehan2010(金幣+1): 謝謝參與

保證單位統(tǒng)一以后再計算

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3樓2012-07-11 08:47:36

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yaneehan2010

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2樓: Originally posted by 水晶螞蟻 at 2012-07-11 08:33:58
你的擴散系數(shù)模擬MSD 曲線是取得哪一段做為斜率？不同位置，數(shù)據(jù)不一樣，單位換算肯定是要換算的，過程不麻煩。而且你的擴散系數(shù)與手冊有差別也是正常的，你的計算設置也影響結果的，你做的是什么系綜？

感謝回復呢，我先用了NPT，后來是NVE各跑了100000，MSD曲線我是取了拖尾前的那段近似直線的部分計算斜率。另外還用matlab將數(shù)據(jù)擬合了一條，這個單位換算是10^(-4)對吧。
我模擬的是298K，1atm時的情況，我建晶胞以及以后的系綜時，溫度都寫得是298K。密度我寫的是其中一種分子在298K時的密度，這樣設置有什么問題么？該怎么改呢？謝謝啦

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4樓2012-07-11 10:27:55

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3樓: Originally posted by chaizhm at 2012-07-11 08:47:36
保證單位統(tǒng)一以后再計算

謝謝您的回復，我單位換算了呀，10^(-4)對吧？

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5樓2012-07-11 10:28:37

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水晶螞蟻

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4樓: Originally posted by yaneehan2010 at 2012-07-11 10:27:55
感謝回復呢，我先用了NPT，后來是NVE各跑了100000，MSD曲線我是取了拖尾前的那段近似直線的部分計算斜率。另外還用matlab將數(shù)據(jù)擬合了一條，這個單位換算是10^(-4)對吧。
我模擬的是298K，1atm時的情況，我建晶胞 ...

單位換算關系是對的，你的set up 設置中T和B 是如何設置的，運算了100000步么？那么你步長是多少，運算時間除以步長再乘以1000是步數(shù)，而且你跑完動力學，你選取的近似直線部分是多長時間內，建議中間段不同時間多取幾次，然后對得到的斜率取平均值。希望對樓主有所幫助。

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6樓2012-07-11 15:59:09

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6樓: Originally posted by 水晶螞蟻 at 2012-07-11 15:59:09
單位換算關系是對的，你的set up 設置中T和B 是如何設置的，運算了100000步么？那么你步長是多少，運算時間除以步長再乘以1000是步數(shù)，而且你跑完動力學，你選取的近似直線部分是多長時間內，建議中間段不同時間多 ...

哪里的set up？
我的time step:1.0fs,Dynamics time:100ps,number of steps:100000.
我是直接把那段時間的都算了、、

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7樓2012-07-11 17:22:48

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gxx2012

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yaneehan2010(金幣+1): 謝謝參與

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7樓: Originally posted by yaneehan2010 at 2012-07-11 17:22:48
哪里的set up？
我的time step:1.0fs,Dynamics time:100ps,number of steps:100000.
我是直接把那段時間的都算了、、...

麻煩問一下樓主，你說的擴散系數(shù)的手冊名字是什么��？我一直在尋找。。。還請指點。。。萬分感謝！

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8樓2012-10-19 15:42:21

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