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real-gold銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
文獻(xiàn)上的引物可信度有多少
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今天在查閱一篇文獻(xiàn)對(duì)里面的內(nèi)容有疑惑，文獻(xiàn)原文如何下， 摘抄一條引物序列為：上游引物：5‘TTGTTGGAGAGACTGGCAAGACGG 3’ 下游引物：5‘TGTCTTTTACCGTGATTTTCC3’ 我在ncbi在blast的結(jié)果如下 產(chǎn)物為2314，但文獻(xiàn)上確寫(xiě)的是343，這該如何解釋？文章上引物是不是出錯(cuò)了？ PS：經(jīng)常發(fā)現(xiàn)是一些文獻(xiàn)上的引物序列無(wú)法blast出結(jié)果。 [ Last edited by real-gold on 2012-7-12 at 19:53 ] |
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一般就是引物好與不好的問(wèn)題，不會(huì)有大差錯(cuò)的。 你blast出來(lái)的那個(gè)結(jié)果是基因組序列，而文獻(xiàn)是用cDNA做的定量，可能中間有內(nèi)含子，所以從基因組DNA和cDNA擴(kuò)增出來(lái)的產(chǎn)物會(huì)有不同的大小。 你看看blast的結(jié)果里面有沒(méi)有從cDNA或者mRNA（NM開(kāi)頭的編號(hào)）得到的片段，那個(gè)的大小應(yīng)該就對(duì)了。 最好是自己把基因的序列找出來(lái)看看是不是有內(nèi)含子吧。 |
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real-gold11樓2012-07-13 20:47:00
西瓜
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NCBI上看基因信息就知道了。比如下面這個(gè)： mRNA join(5001..5252,19099..19173,27083..27371,39297..39435, 41621..41786,57437..57535,68781..68993,70133..70276, 73240..73386,74960..75035,75272..75591,76120..76242, 77501..77586,78475..80029) /gene="STAU1" /gene_synonym="STAU" /product="staufen, RNA binding protein, homolog 1 (Drosophila), transcript variant T3" 里面的 join(5001..5252,19099..19173,27083 那一段就是說(shuō)，序列的5001~5252，19099~19173這些是外顯子，其他那些比如5253~19098就是內(nèi)含子的序列啦。 NCBI上的信息不難懂，自己仔細(xì)看看吧。我都是自己琢磨出來(lái)的，懶得去看書(shū)  如果你是用常見(jiàn)的模式生物，那么最好直接到相關(guān)的網(wǎng)站上去找，都是圖文并茂的，看起來(lái)更直觀。 |
27樓2012-07-17 21:58:51
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多參考幾篇文獻(xiàn)，大家采用比較多的，一般是沒(méi)大問(wèn)題的。至于和Blast出來(lái)的結(jié)果不一樣，我也遇到過(guò)。我并不知道為什么，我也是是生物科班，只是采用分子生物學(xué)手段對(duì)種群進(jìn)行了分析。或許Blast出來(lái)的結(jié)果包含引物之外的序列。 如果參考文獻(xiàn)很有限，那么該研究可能剛剛開(kāi)始，可能有待于進(jìn)一步的完善。 至于文獻(xiàn)中提到的引物擴(kuò)增片段長(zhǎng)度對(duì)與否，合成一對(duì)引物，自己擴(kuò)增以下，測(cè)序試一試就能證實(shí)了吧。 愚見(jiàn)，僅供參考！ |
22樓2012-07-14 15:48:36
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25樓2012-07-17 21:02:02
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26樓2012-07-17 21:09:02
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2012-07-13 18:48
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blwzll4樓
2012-07-13 18:49
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鄭克寧5樓
2012-07-13 19:12
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luojinyan15樓
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wlxwlx102616樓
2012-07-14 09:38
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huijun043219樓
2012-07-14 10:30
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75125417920樓
2012-07-14 13:46
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等我的魚(yú)21樓
2012-07-14 15:08
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