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關(guān)于利用限制性內(nèi)切酶對大量細(xì)菌進(jìn)行快速分型的問題
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有個(gè)問題想和大家討論一下或者請教高人，我們經(jīng)常可以在文獻(xiàn)中看到使用ARDRA方法（限制性）對16s rDNA克隆文庫中的大量克隆子進(jìn)行快速分型，具有相同帶型的作為一個(gè)OTU，那么可以說一個(gè)OTU中的克隆子是一個(gè)屬的嗎？或者說在什么水平上（綱、目還是科）屬于一類？我自己思前想后覺得這么下結(jié)論不科學(xué)，但是在前些年克隆文庫方法盛行而高通量測序還沒發(fā)展起來時(shí)，研究者們做生態(tài)學(xué)方面研究時(shí)都會(huì)采用ARDRA從大量克隆子中篩選出代表性的拿去測序，說明這個(gè)方法還是有一定的科學(xué)性的�，F(xiàn)在我就是缺少一些證據(jù)或者說是多數(shù)人的認(rèn)可，有點(diǎn)懷疑。 大家如果有比較懂的或者有相關(guān)文獻(xiàn)指明該方法可以將克隆子（微生物16S rRNA gene）精確分類的，麻煩大家順手推薦一下啊，謝謝  歡迎踴躍發(fā)言，多多指點(diǎn) |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
mirror3895: 金幣+3 2012-07-22 20:41:17
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
mirror3895: 金幣+3 2012-07-22 20:41:17
| 我覺得ARDRA方法（限制性）做的酶切分型的OTU和細(xì)菌種屬是不同的兩個(gè)概念，無法進(jìn)行比較分析，比如DNA切出的片段一樣，OTU就一樣，不管是幾種酶切的，但如果中間堿基不同(通過酶切的方法無法確定堿基有多少不同)，序列信息就不同，種屬分布就不同甚至?xí)泻艽蟛顒e。酶切的方法有酶切方法的科學(xué)依據(jù)，就是大致分類，但不能在不同種屬水平上進(jìn)行比較，這樣是不科學(xué)的，個(gè)人看法啊~~ |
2樓2012-07-22 08:37:16
3樓2016-03-02 17:20:53
4樓2016-03-03 02:36:32
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