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zxy964777869

銅蟲 (正式寫手)

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專業(yè): 理論和計算化學

[求助] 水在納米管內部擴散的軸向均方位移計算 VMD代碼

這兩天想學習一下tcl命令，所以就拿我以前做過的納米管作為水通道例子的軌跡來分析水在管內的擴散系數。附件是我寫的tcl命令，參照一篇碩士論文：http://cdmd.cnki.com.cn/Article/CDMD-10423-1011229542.htm中的代碼,他的大致思想是這樣的：假如有1000幀（時長1ns，一幀間隔1ps）的模擬軌跡,先選取第650幀，通過幾何關系選定在納米管內部的所有H、O原子（不是分子）,假如有5個這樣的原子（一個O，四個H），并得到這些原子的索引號（假設為0、1、2、3、4）以及其Z軸坐標（有5個值）。對651幀，選定這5個索引的原子,得到他們的Z軸坐標。此刻相應的用651幀的Z軸坐標減去650幀相同索引號的原子的Z軸坐標，取平方值，對這5個原子的平方值相加取平均，得到1ps點的均方位移。同樣的選取652幀的索引為0、1、2、3、4原子的Z軸坐標，減去650幀的索引為0、1、2、3、4的原子的Z坐標，取平方并平均得到2ps點的均方位移...........依次類推，選取1000幀的索引為0-4的原子得到z軸坐標，減去650幀時的坐標取平方并平均，得到350ps點的均方位移值，對不同時間點的位移值作圖得到斜率，進而求擴散系數。

對比著寫了一段代碼，發(fā)現輸出數據不是一條直線，而是沒有規(guī)律的一群數字，所以在此向各位高手請教，以上面的路子計算的均方位移可靠么？

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附件 1 : cnt3.tcl

2012-07-23 14:56:33, 1.08 K

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1樓 2012-07-23 15:05:19

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