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zbddr新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
cif中氫鍵對(duì)稱(chēng)碼的問(wèn)題
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各位大俠，我在cif中生成氫鍵時(shí)，1. 先在.ins中加HTAB 2. 從.lst中看到了氫鍵,但是卻沒(méi)有對(duì)稱(chēng)碼。 然后我用platon做了個(gè)氫鍵，生成了對(duì)稱(chēng)碼。然后用這個(gè)對(duì)稱(chēng)碼加到ins中，卻提示錯(cuò)誤，不能生成氫鍵表。 請(qǐng)問(wèn)各位大俠，是我的這個(gè)氫鍵沒(méi)有對(duì)稱(chēng)碼？還是我的方法有誤？ |
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xi2004
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4樓2012-08-07 15:32:26
yytsnake
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zbddr: 金幣+8 2012-08-08 09:55:01
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如果LIS文件中給出的是已經(jīng)存在的A原子與B之間的氫鍵，不用什么對(duì)稱(chēng)碼。 直接HTAB A B 就可以了。 如果是A與由對(duì)稱(chēng)操作產(chǎn)生的B之間的氫鍵，則先要用對(duì)稱(chēng)操作定義B原子， 如 EQIV $1 x,y-1,z 然后再 HTAB A B_$1 |
2樓2012-08-07 14:29:55
zbddr
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高手，這是我.lst中的氫鍵表 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) N1-H1 0.860 2.237 153.50 3.031 N4 N3-H3 0.860 2.280 150.83 3.060 N2 按你說(shuō)的，N1與N4，N3與N2之間是沒(méi)有對(duì)稱(chēng)碼的。但是我看acta E里面的氫鍵表都有對(duì)稱(chēng)碼，如果我要產(chǎn)生對(duì)稱(chēng)碼，應(yīng)該在那么做？ |
3樓2012-08-07 15:17:01
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