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[求助]
引物設(shè)計(jì)中遇到問題。求助。
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| 我克隆一個(gè)基因，找到的相近物種該蛋白的氨基酸序列比對(duì)設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，發(fā)現(xiàn)氨基酸序列保守性比較高。老師建議我找到核苷酸序列比對(duì)，用核苷酸序列設(shè)計(jì)引物。但是核苷酸序列長(zhǎng)度不一，但CDS長(zhǎng)度相差不大，能用CDS區(qū)序列比對(duì)設(shè)計(jì)引物嗎？這樣還是簡(jiǎn)并引物嗎？核苷酸序列保守性就沒氨基酸那么大了。該怎么去設(shè)計(jì)這個(gè)引物比較好？哪位蟲子遇到過類視情況的指導(dǎo)下。萬分感謝。 |
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芒果布丁
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【答案】應(yīng)助回帖
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| 最好是找到相應(yīng)的核苷酸序列，如果首尾核苷酸序列相差較大的話就用設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物。。。。如果是長(zhǎng)短不一，可能是首端有前導(dǎo)肽什么的吧，這個(gè)要事前查閱清楚的，最保守的方法是先調(diào)取最長(zhǎng)的序列看看同源性，之后再慢慢縮短核苷酸序列的長(zhǎng)度。。。。 |
2樓2012-08-10 09:45:36
fangni
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6樓2012-08-11 08:25:19
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