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淡藍(lán)幽香

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[交流] 從plink 到beagle，在轉(zhuǎn)換格式時(shí)，遇到的問(wèn)題

各位鄉(xiāng)親父老，
最近需要做phasing的工作，因此需要把數(shù)據(jù)從plink的ped,map格式，轉(zhuǎn)換為beagle軟件里的Genotypes file format。其中用的一個(gè)pipeline，中間出現(xiàn)了錯(cuò)誤信息，但是找不到解決原因，特來(lái)請(qǐng)教各位！

錯(cuò)誤信息如下：Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException: missing out argument
      at c.d.a(Unknown Source)
      at c.d.a(Unknown Source)
      at phaser.Z.(Unknown Source)
      at phaser.PhaseMain.(Unknown Source)
      at phaser.PhaseMain.main(Unknown Source)
ERROR: out.pre_phase.bgl.phased does not exist or is empty

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關(guān)于論文里的圖片轉(zhuǎn)換為eps格式問(wèn)題已經(jīng)有11人回復(fù)
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1樓 2012-08-13 16:17:12

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wizardfan

至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

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方法參數(shù)是指Java里的。
像你這種情況，最好是直接和germline聯(lián)系

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4樓2012-08-14 18:46:24

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wizardfan

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★
淡藍(lán)幽香(金幣+1): 謝謝參與

IllegalArgumentException是指參數(shù)不對(duì)，后面的補(bǔ)充說(shuō)明missing out argument是說(shuō)缺少方法參數(shù)

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2樓2012-08-14 05:50:45

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淡藍(lán)幽香

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2樓: Originally posted by wizardfan at 2012-08-14 05:50:45
IllegalArgumentException是指參數(shù)不對(duì)，后面的補(bǔ)充說(shuō)明missing out argument是說(shuō)缺少方法參數(shù)

這個(gè)方法參數(shù)指的是什么，小女愚鈍，還請(qǐng)賜教：）

對(duì)了，我使用的是軟件GERMLINE提供的pipeline，從README來(lái)看，我只需要給相應(yīng)的bash run.sh file.ped file.map out即可

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3樓2012-08-14 15:56:57

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引用回帖:

4樓: Originally posted by wizardfan at 2012-08-14 18:46:24
方法參數(shù)是指Java里的。
像你這種情況，最好是直接和germline聯(lián)系

已聯(lián)系，無(wú)回復(fù)

似乎低版本的BEAGLE可以完成這個(gè)轉(zhuǎn)換，等結(jié)果中

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5樓2012-08-20 14:17:55

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