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[求助]
gromacs NPT 系綜如何模擬？
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; Pressure coupling is on Pcoupl = berendsen pcoupltype = isotropic tau_p = 1 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1 ; simulation P 這樣可以嗎？ 請(qǐng)高手詳細(xì)指導(dǎo)一下，謝謝！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-08-14 16:09:21
mengsk: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝！ 2012-08-14 21:30:14
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mengsk: 金幣+3, ★★★很有幫助, 謝謝！ 2012-08-14 21:30:14
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樓上好像打字打錯(cuò)了，“你這好象只有溫度耦合”，應(yīng)該是“你這好象只有壓強(qiáng)耦合”； 但是樓上提示的非常正確。NPT系宗，就是固定的原子個(gè)數(shù)，固定的壓強(qiáng)和溫度。 再問樓主幾個(gè)問題，你能解釋清楚“; Pressure coupling is on Pcoupl = berendsen pcoupltype = isotropic tau_p = 1 compressibility = 4.5e-5 ref_p = 1 ; simulation P ” 這段設(shè)置是什么意思嗎？ 然后你清楚你模擬要設(shè)置的條件嗎？ 清楚了你就知道你的設(shè)置是否正確了。 |
3樓2012-08-14 14:43:16
duotojh
金蟲 (小有名氣)
- 模擬EPI: 1
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 1066.6
- 紅花: 5
- 帖子: 225
- 在線: 137.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 1290636
- 注冊(cè): 2011-05-09
- 專業(yè): 生物物理、生物化學(xué)與分子
2樓2012-08-14 14:32:05
4樓2012-08-14 15:20:22
jiaoyixiong
榮譽(yù)版主 (職業(yè)作家)
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yes |
5樓2012-08-14 19:49:31
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