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鐵蟲 (小有名氣)

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專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)

[求助] 如何在一個(gè)晶胞的中間位置加入一個(gè)小分子水分子？最好是中間位置

Sample Text
如題，想在一個(gè)10*10*10的盒子中加入一個(gè)小分子，比如水分子，
1、怎樣才可以剛好放到中間位置呢？我想進(jìn)一步用DMOL3 來計(jì)算它的熱力學(xué)性質(zhì)，位置的不一樣還有影響么？
2、我用MS畫的水分子的結(jié)構(gòu)式，這個(gè)肯定不是標(biāo)準(zhǔn)的H2O分子結(jié)構(gòu),是不是最好優(yōu)化之后再加入到晶胞里面呢？
很糊涂，不知道該怎么辦，求各位大俠出手幫助，在此先謝過了

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day day up!!!

1樓 2012-08-21 20:31:47

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金蟲 (小有名氣)

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2012-08-22 09:08:07

1.格子大小確定后，中心的坐標(biāo)就可以計(jì)算出來。先在格子里畫個(gè)氧原子，properties里面可以修改O的坐標(biāo)，把中心坐標(biāo)填上，補(bǔ)上H。位置不一樣沒有影響。
2. 優(yōu)化放進(jìn)去，還是放進(jìn)去再優(yōu)化，也沒影響。就這么一個(gè)水分子的體系，試著算一下比較一下角度鍵長(zhǎng)電荷分布啥的，幾分鐘就清楚了。學(xué)習(xí)的過程嘛

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