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mengyan142木蟲 (小有名氣)
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[求助]
ONIOM 顯性溶劑 優(yōu)化出錯(cuò)
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我用高斯ONIOM方法優(yōu)化蛋白質(zhì)，初始結(jié)構(gòu)是跑完動(dòng)力學(xué)的結(jié)構(gòu)，該結(jié)構(gòu)有乙腈溶劑，乙腈的參數(shù)是用amber里的resp擬合得來的，ONIOM優(yōu)化時(shí)我把乙腈的參數(shù)寫在了輸入文件里，但是提交作業(yè)后，很快就跳出來，如下： Cartesian Forces: Max NaN RMS NaN GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad Berny optimization. Internal Forces: Max NaN RMS NaN Search for a local minimum. Step number 2 out of a maximum of 225 All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians) Update second derivatives using D2CorX and points 2 DE= NaN DEPred=-1.68D-01 R= NaN Trust test= NaN RLast= 2.00D-02 DXMaxT set to 5.00D-02 Iteration 1 RMS(Cart)= 0.00000000 RMS(Int)= 0.00000000 H-V products w/o non-bonded: 1 Davidson Disk Diagonalization is being used: MVecIn= 15 MSekIn= 16 NVConv= 1 MConv= 1 WhenSc= 5 IFact= 4 FinIt=F NRoot= 15 Conv= 1.00D-05 MaxIt= 1000000000 Dim= 11148 Max sub= 400 *** WARNING: Number of orthogonal guesses is 9 Iteration 1 internal iteration 1 dimension is 9 而且輸出文件里有很多的星號(hào)。 我用同樣的方法優(yōu)化正己烷溶劑的就沒有問題？ 求指點(diǎn)  |
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