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daniell251木蟲 (著名寫手)
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[求助]
采用PBE方法計(jì)算 如何輸入？
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一篇文獻(xiàn)中說(shuō)明了他們所采用的方法： ...Calculations used the exchange and correlation functionals of Perdew, Bueke, and Ernzerhof, and the TZVP basis set of Godbelt, Andzelm, and co-workers for carbon, hydrogen, oxygen and phosphorus. Calculations on gold employ the Stuttart 97 effective core potential and basis...... 我采用了如下的輸入 結(jié)果報(bào)錯(cuò) 說(shuō)有# opt=modredundant freq pbe/genecp 這一行存在語(yǔ)法錯(cuò)誤 哪位達(dá)人能夠幫助我解答嗎 還有 我的整個(gè)輸入是不是都存在問(wèn)題 謝謝啦 # opt=modredundant freq pbe/genecp 文件名 1 1 結(jié)構(gòu)坐標(biāo) Au 0 sddall **** C H P O 0 tzvp **** Au sddall ------------- 謝謝各位了 --------------- 問(wèn)題貌似解決了 應(yīng)該是在輸入PBE 方法時(shí) 不能只輸入一次 pbe 而是要采用 pbepbe . 可為什么會(huì)是這樣呢 還有 我的其他輸入有沒有問(wèn)題 謝謝大家了 [ Last edited by daniell251 on 2012-9-4 at 02:36 ] |
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贗勢(shì)基組 簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)，贗勢(shì)就是不計(jì)算內(nèi)層電子，而是把內(nèi)層電子的貢獻(xiàn)用一個(gè)勢(shì)來(lái)描述，放在哈密頓里面。適用于重元素。 http://blog.163.com/ares_119/blog/static/1157851132009513378305/ 贗勢(shì)基組，實(shí)際上包括 贗勢(shì)和基組兩個(gè)部分，內(nèi)層電子采用贗勢(shì)，即effective core potential (ECP)，外層價(jià)電子采用一般的基組。 比如： LanL2DZ: D95V on first row, Los Alamos ECP plus DZ on Na-Bi. 就是對(duì)第一行原子是 D95V (這個(gè)是非贗勢(shì)基組)，對(duì)Na-Bi是使用一個(gè)叫做Los Alamos的有效核勢(shì)加上一個(gè)DZ基組。所以Lanl2dz就是對(duì)前面的原子全電子基組，對(duì)后面的原子是贗勢(shì)基組。 （再次說(shuō)明，量化里面，C，O那一行，算周期表的第一行） 使用贗勢(shì)的3個(gè)原因： 1。沒有相應(yīng)的全電子基組。 2。減少計(jì)算量。 3。贗勢(shì)可以包含重金屬相對(duì)論效應(yīng)的修正。 在高斯中，lanl2dz基組，在手冊(cè)中可以查到其定義為： LanL2DZ: D95V on first row , Los Alamos ECP plus DZ on Na-Bi，也就是說(shuō)，對(duì)于C，O等元素來(lái)說(shuō)（量化中，H大概算第0周期，C，O才是第一周期），Lanl2dz實(shí)際上還是全電子基組，而對(duì)于Na以后才是對(duì)內(nèi)層電子用Los Alamos ECP贗勢(shì)，外層電子用DZ 基組。 使用贗勢(shì)的輸入文件： 1.所有原子使用lanl2dz -------------------------- #HF/lanl2dz opt lanl2dz for all atoms 0 2 O 0.0 0.0 0.0 C 0.0 0.0 1.2 Cu 0.0 0.0 3.2 -------------------------- 2.所有原子使用lanl2dz的另一種輸入方法。 -------------------------- #HF/genecp opt lanl2dz for all atoms 0 2 O 0.0 0.0 0.0 C 0.0 0.0 1.2 Cu 0.0 0.0 3.2 C O 0 lanl2dz **** Cu 0 lanl2dz //定義價(jià)電子的基組, C O 0 是碳，氧，零，其中零用作終止符號(hào)。 **** Cu 0 lanl2dz //定義內(nèi)層電子的贗勢(shì) -------------------------- 3.混和基組，即有的使用全電子，有的使用Lanl2dz。格式同2。 #HF/genecp opt lanl2dz for Cu, 6-31G(d) for C and O 0 2 O 0.0 0.0 0.0 C 0.0 0.0 1.2 Cu 0.0 0.0 3.2 C O 0 6-31G(d) //另一種全電子基組 **** Cu 0 lanl2dz //定義價(jià)電子的基組 **** Cu 0 lanl2dz //定義內(nèi)層電子的贗勢(shì) Gaussian和MolPro計(jì)算，對(duì)位于分子不同區(qū)域的同一種原子使用不同基組的定義方式 http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=8278533&pid=2#pid2 1、計(jì)算的需求： 我們?cè)谟?jì)算中經(jīng)常會(huì)遇到一種情況，就是分子比較大但又不至于太大而必須一部分使用類似QM/MM的方式處理，此時(shí)我們希望對(duì)整個(gè)分子用同一種計(jì)算方法（比如HF或MP2或CCSD(T)等），但想對(duì)分子的不同區(qū)域使用不同的基組，這與平常我們根據(jù)元素符號(hào)來(lái)定義基組有些不同，我們需要使用原子默認(rèn)編號(hào)或自定義編號(hào)來(lái)定義基組。 2、Gaussian軟件的設(shè)置方式： 2.1 關(guān)鍵詞：gen 2.2 輸入文件示例：甲醛分子，C和O用一種基組，兩個(gè)H分別用另外兩個(gè)不同的基組 ------------------------------------------------------------------------------------------ # MP2/gen MP2 calculation for formaldehyde 0 1 C 0.0000000000 0.0000000000 -0.5904227440 O 0.0000000000 0.0000000000 0.5915772560 H 0.0000000000 0.9327210617 -1.1773089520 H 0.0000000000 -0.9427210617 -1.2773089520 1 2 0 aug-cc-pVTZ **** 3 0 cc-pVTZ **** 4 0 aug-cc-pVQZ **** 2.3 說(shuō)明 2.3.1 在輸入文件#打頭的那一行要有一個(gè)gen關(guān)鍵詞告訴程序去輸入文件結(jié)尾讀取基組信息，這與按照元素符號(hào)定義基組是一樣的。 2.3.2 一個(gè)需要知道的知識(shí)是Gaussian軟件默認(rèn)分子坐標(biāo)所在的行數(shù)當(dāng)做分子的編號(hào)，比如第三行的原子的編號(hào)為3，在GaussView中稱作Lebel，大多數(shù)Gaussian使用者不知道的是原子編號(hào)是可以用來(lái)定義基組的。 2.3.3 下面說(shuō)到關(guān)鍵部分，即輸入文件末尾的基組信息定義。 a. 最常用的情況：對(duì)不同的元素用不同的基組，此時(shí)具體基組上面一行出現(xiàn)的是元素符號(hào)，那一行以數(shù)字0結(jié)尾。 b. 需要不同區(qū)域的同一種原子用不同的基組時(shí)：可以將元素符號(hào)替換為原子編號(hào)。如果多個(gè)原子都用同一種基組可以寫在一行中，如果原子編號(hào)是連續(xù)的，可以用“-”來(lái)定義一個(gè)范圍，比如“7-16”表示編號(hào)從7到16的所有原子。 c. 注意事項(xiàng)：原子編號(hào)那一行仍然以數(shù)字“0”結(jié)尾；贗勢(shì)的定義中關(guān)于原子的這一行與基組的定義方式一致。 |
5樓2015-01-24 11:16:39
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