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杜丫丫

金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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[求助] 無(wú)機(jī)晶體數(shù)據(jù)庫(kù)（FindIt）--MS--Crystal Maker

以后會(huì)用VASP計(jì)算LaBO3（各種3d金屬鈣鈦礦）的SLAP ，先就找出它們的結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化。在無(wú)機(jī)晶體數(shù)據(jù)庫(kù)（ICSD）中找到LaFeO3的原子坐標(biāo)等等結(jié)構(gòu)信息，但是cif文件（1）導(dǎo)入MS中，發(fā)現(xiàn)兩個(gè)氧原子占據(jù)同一個(gè)位置，這樣就無(wú)法讀出正確的POSCAR文件一；但是如果先將此cif文件（1）導(dǎo)入CrystalMaker中，就不會(huì)出現(xiàn)兩個(gè)氧原子占據(jù)同一個(gè)位置的情況，結(jié)構(gòu)清楚，然后在CrystalMaker中輸出cif文件（2），再將此cif文件（2）導(dǎo)入MS中，就不會(huì)出現(xiàn)兩個(gè)氧原子占據(jù)同一個(gè)位置的情況，這樣就讀出相應(yīng)的POSCAR文件二，然后放入VASP中進(jìn)行計(jì)算。
   問(wèn)題：1、老板說(shuō)，從cif文件（1）到cif文件（2），MAKER可能已將LaFeO3的結(jié)構(gòu)改變了（我們組用MAKER很少，所以不是很清楚）；
         我的解釋是MS可能只接受標(biāo)準(zhǔn)cif文件，所以現(xiàn)幾年的其他格式的cif文件無(wú)法正確識(shí)別，而MAker可以，同時(shí)MAker導(dǎo)出的cif文件格式又是標(biāo)準(zhǔn)的，所以MS這次可以正確識(shí)別
         其實(shí)，我沒(méi)有什么理論支持這個(gè)解釋?zhuān)闊└魑粠兔纯�，這是什么道理。？
      2、暫時(shí)沒(méi)有多少關(guān)于lafeo3的各種實(shí)驗(yàn)或是理論數(shù)據(jù)，暫時(shí)只有XRD表征，所以無(wú)法很好的將VASP的計(jì)算結(jié)果進(jìn)行比對(duì)，這樣就無(wú)妨判斷CIF文件（2）導(dǎo)入MS得出POSCAR文件二是否正確，也就是從ICSD--CrystalMakr--MS這一過(guò)程是否合理，結(jié)構(gòu)有無(wú)變化。大家覺(jué)得，可以判斷么？？

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1樓 2012-09-05 15:14:20

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李加偉

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4樓: Originally posted by 杜丫丫 at 2012-09-11 14:10:54
我用ICSD中原子坐標(biāo)建過(guò)，在MS中得到的結(jié)構(gòu)仍然是兩個(gè)氧原子占同一位置...

你好，請(qǐng)問(wèn)你后來(lái)是如何解決這個(gè)問(wèn)題的呢？

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人生海海，在于內(nèi)心

7樓2015-11-13 20:42:06

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liuwell

木蟲(chóng) (小有名氣)

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
杜丫丫: 金幣+5, ★有幫助 2012-09-11 14:11:39
liliangfang: 金幣+2, 謝謝交流 2012-09-11 14:52:33

多年前遇到過(guò)類(lèi)似問(wèn)題，好像是轉(zhuǎn)換時(shí)丟了對(duì)稱(chēng)信息，你按ICSD文件的原子坐標(biāo)手工建立晶體比較一下看，

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2樓2012-09-11 10:18:37

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06022043

鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
杜丫丫: 金幣+5, ★有幫助, 謝謝 2012-09-11 14:20:18
liliangfang: 金幣+2, 謝謝交流 2012-09-11 14:52:43

你可以手工建一下。cif導(dǎo)入MS時(shí)，默認(rèn)的option應(yīng)該是origin－1，有時(shí)候這個(gè)選擇不行。你手工建一下用origin-2 應(yīng)該就可以了。可能還是cif的問(wèn)題。

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專(zhuān)心做學(xué)問(wèn)

3樓2012-09-11 13:23:16

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杜丫丫

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引用回帖:

2樓: Originally posted by liuwell at 2012-09-11 10:18:37
多年前遇到過(guò)類(lèi)似問(wèn)題，好像是轉(zhuǎn)換時(shí)丟了對(duì)稱(chēng)信息，你按ICSD文件的原子坐標(biāo)手工建立晶體比較一下看，

我用ICSD中原子坐標(biāo)建過(guò)，在MS中得到的結(jié)構(gòu)仍然是兩個(gè)氧原子占同一位置

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4樓2012-09-11 14:10:54

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