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yiha新蟲 (初入文壇)
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[求助]
lammps 怪現(xiàn)象
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各位好： 模擬中有水分子，dump采用xyz輸出，邊界的水分子被打散，運(yùn)行一段時(shí)間，vmd顯示水分子始終在盒子內(nèi)，但同樣的條件運(yùn)行，采用xuyuzu輸出，邊界的水分子完整，沒有被打散，但運(yùn)行后，顯示水分子跑出盒子，請(qǐng)問怎么回事，如何解決這一問題？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-09-10 15:28:13
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2012-09-10 15:28:13
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好好看看這里：http://lammps.sandia.gov/doc/dump.html 先搞明白xuyuzu xyz 是什么意思 |
2樓2012-09-10 15:05:54
yiha
新蟲 (初入文壇)
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| 謝謝回復(fù)，xu yu zu是原子的真實(shí)坐標(biāo)，x y z是映像后的坐標(biāo)，所以xu輸出，原子會(huì)跑出盒子，但是在模擬結(jié)果中，一水分子的O H H的x坐標(biāo)分別為12.0143,11.9941,0.882，對(duì)應(yīng)的xu坐標(biāo)分別為0.1373,0.1171.0.882，盒子尺寸11.877，采用xyz輸出邊界水分子被打散，xuyuzu輸出就保持完整，那與上面的xu yu zu是原子的真實(shí)坐標(biāo)，x y z是映像后的坐標(biāo)就成矛盾了，想問哪里出錯(cuò)了 |
3樓2012-09-10 16:48:29
blueybz
木蟲 (正式寫手)
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4樓2012-10-19 18:50:49
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