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求專家解惑：pwscf并行計算cpu分配問題
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我在用pwscf并行計算，但是不知道怎么分配cpu才能達(dá)到最佳利用率，看了manual也是一頭霧水。 下面是我計算的體系，對這個體系我用的資源是12臺電腦，每個電腦12個cpu，80g內(nèi)存：#PBS -l select=12:ncpus=12:mpiprocs=12:mem=80gb:cputype=E5-2670。 我不知道該怎么分配更合理，因為手冊上提到k點數(shù)目，N3，Nr3和cpu數(shù)目有關(guān)系，說每個pool的cpu數(shù)目是N3和Nr3的除數(shù)的時候并行效果最好。 在輸出文件里看到：Dense grid: 11549889 G-vectors FFT dimensions: ( 216, 225, 486) Smooth grid: 2921645 G-vectors FFT dimensions: ( 135, 144, 320) 請問N3是486還是320啊，或者是其他數(shù)？另外k點數(shù)，N3和Kohn-Sham state數(shù)目我只能在輸出文件里看到，在計算之前怎么得到啊，希望前輩們不吝賜教，謝謝了�。�！ 輸入文件： &CONTROL calculation = 'relax', restart_mode = 'from_scratch', prefix = "646", nstep = 400, pseudo_dir = "/pkg/suse11/quantum/5.0/pseudo", outdir = "/home/n7388683/QE/tmp", tstress = .true tprnfor = .true / &SYSTEM ibrav = 8, celldm(1) = 37.26918925775052, celldm(2) = 1.07514450867052, celldm(3) = 2.364979515262144, nat = 359, ntyp = 6, occupations = 'smearing', degauss = 0.02D0, ecutwfc = 30, ecutrho = 300, / &ELECTRONS mixing_beta = 0.6, / &IONS ion_dynamics = 'bfgs', / ATOMIC_SPECIES Zn 65.3799972534 Zn.pbe-van.UPF O 15.9989995956 O.pbe-van_ak.UPF C 12.0109996796 C.pbe-van_bm.UPF H 1.0080000162 H.pbe-van_ak.UPF N 14.0069999695 N.pbe-van_ak.UPF S 32.0600013733 S.pbe-van_bm.UPF ATOMIC_POSITIONS crystal 。。。 K_POINTS automatic 1 1 1 0 0 0 輸出文件開頭： number of k points= 1 gaussian smearing, width (Ry)= 0.0200 cart. coord. in units 2pi/alat k( 1) = ( 0.0000000 0.0000000 0.0000000), wk = 2.0000000 Dense grid: 11549889 G-vectors FFT dimensions: ( 216, 225, 486) Smooth grid: 2921645 G-vectors FFT dimensions: ( 135, 144, 320) Largest allocated arrays est. size (Mb) dimensions Kohn-Sham Wavefunctions 64.91 Mb ( 2526, 1684) NL pseudopotentials 159.42 Mb ( 2526, 4136) Each V/rho on FFT grid 2.97 Mb ( 194400) Each G-vector array 0.61 Mb ( 80210) G-vector shells 0.30 Mb ( 39805) Largest temporary arrays est. size (Mb) dimensions Auxiliary wavefunctions 259.63 Mb ( 2526, 6736) Each subspace H/S matrix 10.82 Mb ( 842, 842) Each Arrays for rho mixing 23.73 Mb ( 194400, 8) |
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gemucai
木蟲 (正式寫手)
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- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
2樓2012-09-29 10:17:21
終于遇到有人回復(fù)了，貌似用pwscf的不多？坐等高手解答！ 3樓2012-09-29 13:01:45
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4樓2012-09-29 14:02:32
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