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淡藍(lán)幽香新蟲 (初入文壇)
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[求助]
perl程序咨詢，有關(guān)pedigree信息分析的。
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各位鄉(xiāng)親父老，小女又來啦~~~~ 這次的input是： #Fid Iid Pid Mid Sex Stat Geno 5 2908 0 0 1 3 A G T C G T 5 2108 6256 4532 2 1 G T C A T C 20 4556 2089 2935 1 2 T T G A C C 5 6256 2908 6266 1 1 A C C T T C 5 4561 1145 2108 2 1 C C T G A G 117 1123 0 2354 1 2 C C T G A C 基本上，從2908— 6256— 2108— 4561就是一個家族的四代人，這個就是我想找到的信息。 從這個聯(lián)系來分析我的整個數(shù)據(jù)文件， 有多少個家庭里有四代人的信息， 有多少家族只有兩代人的信息，諸如此類。 現(xiàn)在我有的程序，已經(jīng)可以把每個相同家庭里的人，放在一個group里，接下來的分析，搞不懂了，特求助各位。 這里附上我的上半段程序： |
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【答案】應(yīng)助回帖
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silicare: 金幣+6, 應(yīng)助指數(shù)+1, 謝謝參與，鼓勵新蟲發(fā)帖交流 2012-09-17 17:28:23
silicare: 金幣+6, 應(yīng)助指數(shù)+1, 謝謝參與，鼓勵新蟲發(fā)帖交流 2012-09-17 17:28:23
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用MERLIN軟件關(guān)于ibd和kinship評估功能，可以根據(jù)你的.ped文件內(nèi)容分析出家系結(jié)構(gòu)（包括家系大小，世代數(shù)等一些信息）。 你可以看一下官網(wǎng)http://www.sph.umich.edu/csg/abecasis/Merlin/ |
7樓2012-09-17 13:59:48
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