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[求助]
求構(gòu)建蛋白溶解在尿素盒子中的方法
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本人剛學(xué)NAMD不久，很多東西不明白，希望有高人給予指導(dǎo)。我要構(gòu)建CHARMM27力場(chǎng)的【蛋白+尿素+水】盒子，然后用NAMD研究蛋白在尿素溶液中的變化情況。 目前已經(jīng)從論壇上得到尿素的top和par文件，但卻不知如何構(gòu)建【protein+urea+water】的盒子。 看過(guò)NAMD教程，了解VMD中solvate命令可以構(gòu)建水盒子，但其他溶劑盒子，也沒(méi)有具體教程，而且不能確定溶劑分子個(gè)數(shù)。 NAMD中psfgen命令似乎也行，但同樣不會(huì)使用。 有沒(méi)有高手指教一下，萬(wàn)分感謝�。� |
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