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schalke至尊木蟲 (著名寫手)
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[求助]
運(yùn)算化設(shè)計一種酶催化亞油酸二聚反應(yīng)，如何設(shè)計氫鍵結(jié)合位點(diǎn)？
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亞油酸甲酯是含有9,12位雙鍵的C18脂肪酸甲酯，高溫或催化劑條件下都可通過Diels-Alder機(jī)理形成六元環(huán)二聚體，其中一個作為dienophile，另一個作為diene。 現(xiàn)在想設(shè)計一種酶來催化該反應(yīng)，需要通過兩個氫鍵分別連接富電子基團(tuán)和缺電子基團(tuán)實(shí)現(xiàn)綁定進(jìn)而降低LUMO-HOMO的能壘。文獻(xiàn)報道為另一反應(yīng)所設(shè)計的酶中一個氫鍵與羰基連接，一個氫鍵與氨基連接來實(shí)現(xiàn)功能。 現(xiàn)在的問題是亞油酸甲酯僅含有羰基基團(tuán)，如何有效綁定？另外酶催化二聚反應(yīng)的難點(diǎn)在于在與氫鍵結(jié)合過程中如何區(qū)分兩種反應(yīng)物（作為二烯的亞油酸甲酯為trans,trans構(gòu)象；作為親二烯體的亞油酸甲酯為cis,trans構(gòu)象）？ 我不知道發(fā)在貴版塊是否正確，請各位大俠幫幫忙，謝謝！如果哪個版塊可以更好的解決這個問題，也請告訴我，謝謝！ |
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2樓2012-09-13 23:54:51
schalke
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3樓2012-09-14 20:40:27
schalke
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4樓2012-09-15 19:17:23
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