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minmin_0082003金蟲 (正式寫手)
莫愁莫愁
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[求助]
求助兩個問題,一個是siesta如何固定鍵長以及高對稱性分子的建模
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1 siesta固定鍵長,顯然不能固定原子的坐標(biāo),這樣的話這兩個原子不會被優(yōu)化,如果要做精確鍵長與能量的變化關(guān)系會不準(zhǔn)確。 當(dāng)然可以考慮使用z-matrix。但是問題在于z-matrix是要坐標(biāo)從0.0 0.0 0.0 開始的。所以當(dāng)我的表面笛卡爾坐標(biāo)不是從原點(diǎn)開始的時,再轉(zhuǎn)化到z-matrix坐標(biāo)時,連坐標(biāo)軸也會變化。導(dǎo)致連cell也要改。但是要改cell貌似有點(diǎn)麻煩。請問還有其他簡便辦法嗎 2 想建造一個Ih對稱性的將近200個原子金屬簇,但是沒有現(xiàn)成的坐標(biāo)。對于建立小的金屬簇還能行,這么大的該怎么建立呢。 請各位大蝦們指教 |
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