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xiaohuiyi

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[求助] SQUEEZE結(jié)果為什么會(huì)有這么多電子？

做了一個(gè)ATG 初步計(jì)算大概是10個(gè)水 2個(gè)DMF.晶體結(jié)構(gòu)解出來(lái)之后溶劑分子定不了 squeez之后無(wú)A類(lèi)錯(cuò)誤 R為0.5 Z等于6.....可是這個(gè)電子數(shù)怎么解釋。。。暈了。。。一直懷疑是不是晶體數(shù)據(jù)有誤。。。請(qǐng)指教。。。謝謝

# SQUEEZE RESULTS (APPEND TO CIF)
# Note: Data are Listed for all Voids in the P1 Unit Cell
# i.e. Centre of Gravity, Solvent Accessible Volume,
# Recovered number of Electrons in the Void and
# Details about the Squeezed Material
loop_
  _platon_squeeze_void_nr
  _platon_squeeze_void_average_x
  _platon_squeeze_void_average_y
  _platon_squeeze_void_average_z
  _platon_squeeze_void_volume
  _platon_squeeze_void_count_electrons
  _platon_squeeze_void_content
1 -0.080 -0.040 -0.001    4630    3904 ' '
_platon_squeeze_details
;
;

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1樓 2012-09-19 22:37:16

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【答案】應(yīng)助回帖

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
linhua0402313: 金幣+1, 恩，感謝回帖交流，歡迎常來(lái)晶體板塊 2012-09-20 07:47:48

你的Z值恐怕有問(wèn)題吧。給出你的空間群�？纯吹降子袔字貙�(duì)稱(chēng)。你的東西孔徑這么大。穩(wěn)定么？哈哈。多嘴問(wèn)一句。

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2樓2012-09-19 22:56:52

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引用回帖:

2樓: Originally posted by qiuw001 at 2012-09-19 22:56:52
你的Z值恐怕有問(wèn)題吧。給出你的空間群�？纯吹降子袔字貙�(duì)稱(chēng)。你的東西孔徑這么大。穩(wěn)定么？哈哈。多嘴問(wèn)一句。

R-3 Z值也是解晶體的時(shí)候算出來(lái)的。。。或許我應(yīng)該重新弄個(gè)z值算一下？。。。

貌似不是很穩(wěn)定。。。

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3樓2012-09-19 23:04:11

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3樓: Originally posted by xiaohuiyi at 2012-09-19 23:04:11
R-3 Z值也是解晶體的時(shí)候算出來(lái)的。。�；蛟S我應(yīng)該重新弄個(gè)z值算一下？。。。

貌似不是很穩(wěn)定。。。...

R-3應(yīng)該是18。你的電子是10*10+40*2=180，這樣偏差還是比較大。

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4樓2012-09-19 23:17:56

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linhua0402313: 金幣+1, 恩，感謝回帖交流，精神可嘉啊 2012-09-20 07:48:20

引用回帖:

4樓: Originally posted by qiuw001 at 2012-09-19 23:17:56
R-3應(yīng)該是18。你的電子是10*10+40*2=180，這樣偏差還是比較大。...

R-3應(yīng)該是18。你的電子是10*10+40*2=180，3240，這樣偏差算比較小。剛才寫(xiě)錯(cuò)了。

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5樓2012-09-19 23:20:45

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5樓: Originally posted by qiuw001 at 2012-09-19 23:20:45
R-3應(yīng)該是18。你的電子是10*10+40*2=180，3240，這樣偏差算比較小。剛才寫(xiě)錯(cuò)了。...

非常謝謝，看你這么一算真是有種豁然開(kāi)朗的感覺(jué).

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6樓2012-09-20 00:33:46

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4樓: Originally posted by qiuw001 at 2012-09-19 23:17:56
R-3應(yīng)該是18。你的電子是10*10+40*2=180，這樣偏差還是比較大。...

R-3的Z值是3吧。
例如 J. Am. Chem. Soc. 2011, 133,10018–10021
Crystal data for1 : C 160H 112 Cl 24 N32 Zn12
, Mr = 4118.06; trigonal,R 3; a = b = 37.841(5) Å, c = 15.799(3) Å;V = 19592(5) Å3 ; Z =3; F calcd = 1.047g cm 3; μ (Mo K R ) = 1.365 mm 1; 66080 re fl ns measured, 9195 unique;
R (int) = 0.1621, R1 [I >2σ( I)] = 0.0811, wR2(all data) = 0.2312,
S (all data) = 0.854. CCDC 809386. Additional details may be found in the SI. 我前幾天解的一個(gè)R-3晶體Z值也是3.
Z值 = 獨(dú)立區(qū)內(nèi)分子數(shù)*等效點(diǎn)數(shù)目

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7樓2012-09-20 08:51:54

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【答案】應(yīng)助回帖

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7樓: Originally posted by jcajcazhzh at 2012-09-20 08:51:54
R-3的Z值是3吧。
例如 J. Am. Chem. Soc. 2011, 133,10018–10021
Crystal data for1 : C 160H 112 Cl 24 N32 Zn12
, Mr = 4118.06; trigonal,R 3; a = b = 37.841(5) Å, c = 15.799(3) &Aring ...

data_CSD_CIF_IYOHIO
_audit_creation_date 2011-11-16
_audit_creation_method CSD-ConQuest-V1
_database_code_CSD IYOHIO
_database_code_depnum_ccdc_archive 'CCDC 809386'
_chemical_formula_sum 'C85.75 H61.75 Cl29.25 N16 Zn6'
_chemical_formula_moiety
;
(C80 H56 Cl12 N16 Zn6)n,5.75n(C1 H1 Cl3)
;
_journal_coden_Cambridge 4
_journal_volume 133
_journal_year 2011
_journal_page_first 10018
_journal_name_full 'J.Am.Chem.Soc. '
loop_
_publ_author_name
"J.Heine"
"J.S.auf der Gunne"
"S.Dehnen"
_chemical_name_systematic
;
catena-[tetrakis(\m~3~-2,4,6-tris(4-Pyridyl)pyridine)-dodecachloro-hexa-zinc(i
i) chloroform solvate]
;
_cell_volume 19592.301
_exptl_crystal_colour 'colorless'
_exptl_crystal_description 'block'
_diffrn_ambient_temperature 100
_refine_special_details
;
Disordered chloroform solvent molecules (determined by elemental analysis)
were not modelled and the disordered density was taken into account using the
SQUEEZE/PLATON procedure. The unit cell was found to contain three voids of
2718-2724 A$3!, each holding 734-735 electrons. One of the central pyridine
rings is disordered by three-fold symmetry. Of the two independent atoms, one
is modelled as a mixed occupancy C:N site with ratio 0.66666:0.33333.
;
#These two values have been output from a single CSD field.
_refine_ls_R_factor_gt 0.0811
_refine_ls_wR_factor_gt 0.0811
_symmetry_cell_setting rhombohedral
_symmetry_space_group_name_H-M 'R -3'
_symmetry_Int_Tables_number 148
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 x,y,z
2 -y,x-y,z
3 -x+y,-x,z
4 2/3+x,1/3+y,1/3+z
5 2/3-y,1/3+x-y,1/3+z
6 2/3-x+y,1/3-x,1/3+z
7 1/3+x,2/3+y,2/3+z
8 1/3-y,2/3+x-y,2/3+z
9 1/3-x+y,2/3-x,2/3+z
10 -x,-y,-z
11 y,-x+y,-z
12 x-y,x,-z
13 -2/3-x,-1/3-y,-1/3-z
14 -2/3+y,-1/3-x+y,-1/3-z
15 -2/3+x-y,-1/3+x,-1/3-z
16 -1/3-x,-2/3-y,-2/3-z
17 -1/3+y,-2/3-x+y,-2/3-z
18 -1/3+x-y,-2/3+x,-2/3-z
_cell_length_a 37.841(5)
_cell_length_b 37.841(5)
_cell_length_c 15.799(3)
_cell_angle_alpha 90
_cell_angle_beta 90
_cell_angle_gamma 120
_cell_formula_units_Z 6
loop_
J. Am. Chem. Soc. 2011, 133,10018–10021，這個(gè)晶體有18個(gè)對(duì)稱(chēng)元素。所以要除以18。

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8樓2012-09-20 11:05:59

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8樓: Originally posted by qiuw001 at 2012-09-20 11:05:59
data_CSD_CIF_IYOHIO
_audit_creation_date 2011-11-16
_audit_creation_method CSD-ConQuest-V1
_database_code_CSD IYOHIO
_database_code_depnum_ccdc_archive 'CCDC 809386'
_chemical_formula_sum 'C85. ...

但是18不是Z值。18是R-3的等效點(diǎn)數(shù)。
Z值 = 獨(dú)立區(qū)內(nèi)分子數(shù)*等效點(diǎn)數(shù)目

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9樓2012-09-20 12:32:53

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