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劉仕晨

木蟲 (正式寫手)

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引用回帖:

20樓: Originally posted by gemucai at 2012-09-27 08:04:53
看來(lái)我總結(jié)一下：

1.出現(xiàn)warning: symmetry operation # 3 not compatible with FFT grid，說明晶格類型不匹配，需要改成ibrav=8

2.如果改晶格類型之后，出現(xiàn)warning: symmetry operation # 3 not allowed ...

您好，又要麻煩您了，我在測(cè)試ecut和K點(diǎn)的時(shí)候遇到了新的問題，我是這樣做的，分別設(shè)ecut=30 40 50 60 70 80 90 100 110 120,然后在每個(gè)ecut值下面慢慢增加K點(diǎn)，但是奇怪的是，在ecut=50 60和70的時(shí)候自洽運(yùn)算會(huì)出現(xiàn)對(duì)稱性操作丟失的警告：
warning: symmetry operation #  3 not allowed. fractional translation:
   0.5000000 -0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
   warning: symmetry operation #  4 not allowed. fractional translation:
   -0.5000000  0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
   warning: symmetry operation #  7 not allowed. fractional translation:
   -0.5000000  0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
   warning: symmetry operation #  8 not allowed. fractional translation:
   0.5000000 -0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
   warning: symmetry operation # 11 not allowed. fractional translation:
   -0.5000000  0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
   warning: symmetry operation # 12 not allowed. fractional translation:
   0.5000000 -0.5000000 -0.5000000  in crystal coordinates
   warning: symmetry operation # 15 not allowed. fractional translation:
   0.5000000 -0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
   warning: symmetry operation # 16 not allowed. fractional translation:
   -0.5000000  0.5000000  0.5000000  in crystal coordinates
我看到小木蟲上有說通過增加ecut可以解決，可是為什么30 和40又能跑呢？這個(gè)問題怎么解決，我同時(shí)貼出我的IN文件：
&CONTROL
               calculation = 'scf' ,
            restart_mode = 'from_scratch' ,
                  outdir = '/home/liushichen/work/pwscf/tmp/' ,
               pseudo_dir = '/home/liushichen/tools/codes/espresso-4.3.2/pseudo/' ,
                  prefix = 'CrO2' ,
/
&SYSTEM
                     ibrav = 0,
                     nat = 6,
                     ntyp = 2,
                  ecutwfc = 50 ,
                  ecutrho = 200 ,
               occupations = 'smearing' ,
                  degauss = 0.02 ,
                  smearing = 'gaussian' ,
                     nspin = 2 ,
starting_magnetization(1) = 0.5,
               lda_plus_u = .true. ,
            Hubbard_U(1) = 3,
/
&ELECTRONS
                  conv_thr = 1.0e-10 ,
               mixing_beta = 0.7 ,
/
CELL_PARAMETERS cubic
   8.350300000 0.000000000 0.000000000
   0.000000000 8.350300000 0.000000000
   0.000000000 0.000000000 5.502600000
ATOMIC_SPECIES
Cr 52.00000  Cr.pz-hgh.UPF
O 16.00000  O.pz-hgh.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
Cr    0.000000000 0.000000000 0.000000000
Cr    0.500000000 0.500000000 0.500000000
O    0.303000000 0.303000000 0.000000000
O    0.697000000 0.697000000 0.000000000
O    0.803000000 0.197000000 0.500000000
O    0.197000000 0.803000000 0.500000000
K_POINTS automatic
  6 6 9 0 0 0
2，第二個(gè)問題是：我發(fā)現(xiàn)計(jì)算結(jié)果的out文件中的原子位置的Z方向有移動(dòng)，但是我沒有relax阿，我只是跑的自洽阿，這是為什么，貼出那部分文件：
Cartesian axes

   site n.    atom                positions (alat units)
      1          Cr  tau( 1) = ( 0.0000000 0.0000000 0.0000000  )
      2          Cr  tau( 2) = ( 0.5000000 0.5000000 0.3294852  )
      3          O tau( 3) = ( 0.3030000 0.3030000 0.0000000  )
      4          O tau( 4) = ( 0.6970000 0.6970000 0.0000000  )
      5          O tau( 5) = ( 0.8030000 0.1970000 0.3294852  )
      6          O tau( 6) = ( 0.1970000 0.8030000 0.3294852  )
麻煩幫我看下，謝謝！

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21樓2013-03-27 15:47:38

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gemucai

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引用回帖:

21樓: Originally posted by 劉仕晨 at 2013-03-27 15:47:38
您好，又要麻煩您了，我在測(cè)試ecut和K點(diǎn)的時(shí)候遇到了新的問題，我是這樣做的，分別設(shè)ecut=30 40 50 60 70 80 90 100 110 120,然后在每個(gè)ecut值下面慢慢增加K點(diǎn)，但是奇怪的是，在ecut=50 60和70的時(shí)候自洽運(yùn)算會(huì)出 ...

這個(gè)正常，不用擔(dān)心，如果你不涉及到對(duì)稱性的計(jì)算，完全可以忽略。

有個(gè)設(shè)置，nr1,nr2,nr3分別代表實(shí)空間x,y,z方向的FFT網(wǎng)格的格點(diǎn)數(shù)，它的大小與ecutrho有關(guān)。
如果非要消除這種警告，那么在&system里面設(shè)置nr1,nr2,nr3等于1/0.5的倍數(shù)，即2的倍數(shù)即可。
因?yàn)榫媸沁@樣的：warning: symmetry operation # 3 not allowed. fractional translation:
0.5000000 -0.5000000 0.5000000 in crystal coordinates
就是說，你的實(shí)空間FFT網(wǎng)格是奇數(shù)，有些原子不能位于FFT網(wǎng)格格點(diǎn)上，他怕會(huì)丟失一些平移對(duì)稱操作給出警告。

至于nr1,nr2,nr3到底取多少，請(qǐng)看輸出文件里的FFT grid:后面到底是多少，就取偶數(shù)值。

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22樓2013-03-27 20:46:54

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引用回帖:

22樓: Originally posted by gemucai at 2013-03-27 20:46:54
這個(gè)正常，不用擔(dān)心，如果你不涉及到對(duì)稱性的計(jì)算，完全可以忽略。

有個(gè)設(shè)置，nr1,nr2,nr3分別代表實(shí)空間x,y,z方向的FFT網(wǎng)格的格點(diǎn)數(shù)，它的大小與ecutrho有關(guān)。
如果非要消除這種警告，那么在&system里面設(shè) ...

那我直接改變ecutrho也是可以的吧，我試著修改過了，在ecut=50和60的時(shí)候，把ecutrho改為ecut的8倍可以解決，在等于70的時(shí)候改為12倍，可以解決，其他的用默認(rèn)的4倍就可以，但是手冊(cè)上說模守恒的勢(shì)時(shí)ecutrho要為ecutwfc的4倍，不知道我改為8倍和12倍的時(shí)候影不影響結(jié)果，我可能要計(jì)算看看。
還有我的第二個(gè)問題呢，能幫忙解決下么？謝謝

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23樓2013-03-27 22:20:30

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引用回帖:

23樓: Originally posted by 劉仕晨 at 2013-03-27 22:20:30
那我直接改變ecutrho也是可以的吧，我試著修改過了，在ecut=50和60的時(shí)候，把ecutrho改為ecut的8倍可以解決，在等于70的時(shí)候改為12倍，可以解決，其他的用默認(rèn)的4倍就可以，但是手冊(cè)上說模守恒的勢(shì)時(shí)ecutrho要為ec ...

改變ecutrho就會(huì)改變nr1,nr2,nr3,它們的關(guān)系如下：

因?yàn)槭遣粚?duì)稱的系數(shù)0.5，你總有一半的機(jī)會(huì)能夠消除這種警告。

第二個(gè)問題，它只不過是給你換了坐標(biāo)而已，三個(gè)方向都以8.3503波爾為單位，其實(shí)結(jié)構(gòu)沒變。

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24樓2013-03-28 08:57:57

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24樓: Originally posted by gemucai at 2013-03-28 08:57:57
改變ecutrho就會(huì)改變nr1,nr2,nr3,它們的關(guān)系如下：

因?yàn)槭遣粚?duì)稱的系數(shù)0.5，你總有一半的機(jī)會(huì)能夠消除這種警告。

第二個(gè)問題，它只不過是給你換了坐標(biāo)而已，三個(gè)方向都以8.3503波爾為單位，其實(shí)結(jié)構(gòu)沒變。...

我在ecut=140的按您的方法試了下，它輸出的FFT dimensions: ( 64, 64, 45)，我在輸入文件里設(shè)置了64 64 46，這樣就不會(huì)有警告了，那么如果我這樣設(shè)置的話會(huì)影響結(jié)果么？還有手冊(cè)上說模守恒的勢(shì)時(shí)ecutrho要為ecutwfc的4倍，那我能設(shè)成其他的倍數(shù)么，對(duì)結(jié)果有影響么？

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25樓2013-03-28 15:50:40

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25樓: Originally posted by 劉仕晨 at 2013-03-28 15:50:40
我在ecut=140的按您的方法試了下，它輸出的FFT dimensions: ( 64, 64, 45)，我在輸入文件里設(shè)置了64 64 46，這樣就不會(huì)有警告了，那么如果我這樣設(shè)置的話會(huì)影響結(jié)果么？還有手冊(cè)上說模守恒的勢(shì)時(shí)ecutrho要為ecu ...

FFT網(wǎng)格取密不會(huì)影響結(jié)果，肯定是越密就越準(zhǔn)確，但是算得也就越慢。
一般都設(shè)置成4倍，既然ecutrho=140的話，那么直接把ecutwfc設(shè)為35就行了，這樣就是4倍了。

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26樓2013-03-28 16:24:12

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26樓: Originally posted by gemucai at 2013-03-28 16:24:12
FFT網(wǎng)格取密不會(huì)影響結(jié)果，肯定是越密就越準(zhǔn)確，但是算得也就越慢。
一般都設(shè)置成4倍，既然ecutrho=140的話，那么直接把ecutwfc設(shè)為35就行了，這樣就是4倍了。...

謝謝，我是模守恒的勢(shì)，所以ecutwfc=140，然后ecutrho=4*ecutwfc，有那個(gè)警告出來(lái)，我看out文件中，F(xiàn)FT dimensions: ( 64, 64, 45)，就按照你的方法輸入文件里設(shè)置了64 64 46，不過發(fā)現(xiàn)結(jié)果的out文件中，F(xiàn)FT dimensions: ( 64, 64, 48)，它好像會(huì)自動(dòng)幫你調(diào)整的是吧，我這樣修改對(duì)么，把45變成46？

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27樓2013-03-28 16:44:57

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啊，你用的是新版的pwscf?這么智能了
如果換成以前，他會(huì)告訴你說nr3設(shè)置得不正確，你就要一個(gè)個(gè)試，現(xiàn)在給你自動(dòng)調(diào)整，挺好的。
有些數(shù)字因?yàn)榧s數(shù)比較少，開發(fā)者可能覺得不太保險(xiǎn)，不能保證FFT格點(diǎn)上都有原子，所以盡量使用約數(shù)多的數(shù)，比如說48的約數(shù)有2,3,4,6,8,12,24，而46只有2和23兩個(gè)約數(shù)，所以他把46自動(dòng)變成了48。

whatever，45改46是沒問題的，只會(huì)算得更加精確。

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28樓2013-03-28 16:56:00

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引用回帖:

奇怪了，我用ecuwfc=130,ecutrho=4*ecutwfc,這樣結(jié)果文件中的Dense grid: 76835 G-vectors FFT dimensions: ( 64, 64, 40)是這樣的，總能量為：! total energy = -167.61719836 Ry
那我嘗試著在IN 文件中設(shè)置了nr1 = 64 nr2 =64 nr3 = 46 ,加大了一點(diǎn)點(diǎn)，nr3之所以寫46，是因?yàn)閷?0-46之間都是會(huì)警告的，然后發(fā)現(xiàn)結(jié)果文件中Dense grid: 76835 G-vectors FFT dimensions: ( 64, 64, 48)，! total energy = -167.61717253 Ry，這個(gè)能量反而升高了，我覺得是應(yīng)該增加了FFT，算的更精確了，應(yīng)該能量低一點(diǎn)阿？

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29樓2013-03-28 16:57:50

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引用回帖:

29樓: Originally posted by 劉仕晨 at 2013-03-28 16:57:50
奇怪了，我用ecuwfc=130,ecutrho=4*ecutwfc,這樣結(jié)果文件中的Dense grid: 76835 G-vectors FFT dimensions: ( 64, 64, 40)是這樣的，總能量為：! total energy = -167.61719836 Ry
...

不知道你有沒有做過ecut的測(cè)試，到最后會(huì)有幅度較小的震蕩，這是正常的，這時(shí)候我們認(rèn)為它已經(jīng)收斂。

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30樓2013-03-28 17:00:39

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[考研] 08工科 320總分求調(diào)劑 +6	梨花珞晚風(fēng) 2026-03-17	6/300	2026-03-21 03:40 by JourneyLucky
[考研] 初始318分求調(diào)劑（有工作經(jīng)驗(yàn)） +3	1911236844 2026-03-17	3/150	2026-03-21 02:33 by JourneyLucky
[考研] 324分 085600材料化工求調(diào)劑 +4	llllkkkhh 2026-03-18	4/200	2026-03-21 01:24 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分求調(diào)劑一志愿華電計(jì)算機(jī)技術(shù) +4	solanXXX 2026-03-20	4/200	2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 350求調(diào)劑 +5	weudhdk 2026-03-19	5/250	2026-03-20 22:04 by luoyongfeng
[考研] 北科281學(xué)碩材料求調(diào)劑 +5	tcxiaoxx 2026-03-20	5/250	2026-03-20 21:35 by laoshidan
[考研] 0856調(diào)劑，是學(xué)校就去 +8	sllhht 2026-03-19	9/450	2026-03-20 14:25 by 無(wú)懈可擊111
[考研] 一志愿中國(guó)海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑 +5	1孫悟空 2026-03-17	6/300	2026-03-19 23:46 by zcl123
[考博] 申博26年 +3	八6八68 2026-03-19	3/150	2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 344求調(diào)劑 +6	knight344 2026-03-16	7/350	2026-03-18 20:13 by walc
[考研] 334求調(diào)劑 +3	志存高遠(yuǎn)意在機(jī)?/a> 2026-03-16	3/150	2026-03-18 08:34 by lm4875102
[考博] 26博士申請(qǐng) +3	1042136743 2026-03-17	3/150	2026-03-17 23:30 by 輕松不少隨
[考研] 材料工程專碩274一志愿211求調(diào)劑 +6	薛云鵬 2026-03-15	6/300	2026-03-17 11:05 by 學(xué)員h26Tkc
[考研] 085601材料工程315分求調(diào)劑 +3	yang_0104 2026-03-15	3/150	2026-03-15 10:58 by peike