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[求助]
PA鍵對(duì)分析軟件
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| 我想利用對(duì)分析方法，是不是得借助PA鍵對(duì)分析軟件��？還有這個(gè)軟件是免費(fèi)的嗎？在哪里可以下到？有源代碼更好，可以在Linux下編譯運(yùn)行 |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2012-09-29 10:35:07
chaizhm: 金幣+3, 謝謝~ 2012-09-29 10:35:07
| 我覺得是沒問題的呀！這個(gè)跟你的系統(tǒng)、你的服務(wù)器關(guān)系不大的！如果一定要從編譯的角度考慮的話，我倒覺得跟你的編譯器可能有一點(diǎn)關(guān)系。但這統(tǒng)統(tǒng)都是次要的！關(guān)鍵是算法！先從cor文件中讀入數(shù)據(jù)，然后進(jìn)行分析和統(tǒng)計(jì)，最后輸出統(tǒng)計(jì)結(jié)果。寫完代碼后，寫一個(gè)makefile文件，然后放到服務(wù)器上去編譯就行了啊。服務(wù)器上編譯通過的話，應(yīng)該不會(huì)有不兼容的問題的。算法也不難設(shè)計(jì)，最笨的辦法就是把確定一個(gè)原子，然后計(jì)算體系和鏡像中所有的原子跟它的距離，如果小于第一近鄰，則認(rèn)為是近鄰原子。有了近鄰原子后，還有什么不會(huì)算的呢？要巧的話，就沒有底了。 |
6樓2012-09-28 20:53:05
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2樓2012-09-25 19:44:05
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是Pair Analysis, 具體要這種：分析中用原子對(duì)(Atomic Pair)識(shí)別一對(duì)原子之間的成鍵關(guān)系，即他們和周圍共有的近鄰原子之間的成鍵關(guān)系，以及這些共有的近鄰原子之間的成鍵關(guān)系。這里所謂成鍵是指兩個(gè)原子之間距離小于或等于由g(r) 第一谷確定的最近臨距離。Honecutt Andersen用4個(gè)指數(shù) ijlm 來(lái)標(biāo)識(shí)各種類型的原子對(duì)：i =1表示任意原子對(duì)AB成鍵，i=2表示不成；j 表示A、B原子周圍同時(shí)與A、B成鍵的原子數(shù)目；l 表示與A、B成鍵的j個(gè)原子之間成鍵的數(shù)目；由于I、j、l不能唯一確定某些原子集團(tuán)、所以要加上另外一個(gè)參數(shù)m來(lái)標(biāo)識(shí)l 所反映的成鍵方式。 我需要分析的粒子數(shù)少則幾萬(wàn)，多則幾十萬(wàn)，可以分析嗎？還有怎么編？有教程嗎？謝謝您了 |
3樓2012-09-27 16:17:32
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