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用Amber對一個含三條鏈的體系進行MD后，用VMD取幀，發(fā)現(xiàn)三條鏈被連起來了。怎么回事？
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該體系含有三條鏈：A、B、K鏈（A、B鏈?zhǔn)且粯拥模瑸槎垠w，各含144個氨基酸；K鏈為一個小肽，含39個氨基酸） 用Amber對這個體系進行2.7納秒MD后，用VMD取幀，將得到的幀（PDB格式）在Chimara中打開后發(fā)現(xiàn)三條鏈子被連起來了，被連成了一條鏈。 隨后，我用寫字板把這個PDB文件打開，發(fā)現(xiàn)A、B、K鏈之間起間隔作用的"TER"消失了。大家遇到過這種情況嗎？是不是進行MD之前的前處理工作我做錯了？還是VMD取幀出現(xiàn)問題？ |
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2樓2012-09-27 16:28:37
mingzezhong
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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3樓2012-11-30 12:57:56
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